После того, как в 277 г. в Гундишапуре, резиденции персидского шаха, принял мученический венец мыслитель и писатель Мани, объявивший себя наследником Христа и Параклетом, замученный мобедами, зороастрийским духовенством, его последователи вынуждены были бежать из Ирана, но на Западе манихейство подвергалось постоянному гонению и ушло в подполье. На Востоке манихеи нашли приют в Мавераннахре и в оазисах вдоль Великого караванного пути.

В 431 г. на Вселенском соборе в Эфесе был предан анафеме константинопольский патриарх Несторий, неосторожно заявивший, что «у Бога нет матери». Его победители немедленно вступили в борьбу между собою, но как монофизиты, так и православные халкедониты были единодушно нетерпимы к несторианству. Особенно обострилась вражда после 484 г., когда на соборе в Бит-Запате несторианство было признано господствующим исповеданием персидских христиан, в том числе и прихожан Мервской митрополии. Поддержка персидского шаха для византийских несториан оказалась роковой. В 489 г. император Зенон подтвердил осуждение несториан и закрыл эдесскую школу, где несториане преподавали свое учение. Школа переехала в Иран, в Низиб, а в 499 г. в Ктезифоне возникла несторианская патриархия, расцветшая в VI в.

Из Ирана несториане широко распространились по Восточной Азии. В VI в. христиане проповедовали свою веру среди кочевых тюрок не без успеха. Тюрки, захваченные в плен византийцами в битве при Балярате в 591 г., имели на лбах татуировку в виде креста и объясняли, что это сделано по совету христиан, живших в их среде, чтобы избежать моровой язвы. Этот факт отнюдь не говорит о распространении христианства среди кочевых тюрок VI в., но позволяет констатировать нахождение христиан в Степи.

В 635 г. несторианство проникло в Китай и было встречено правительством весьма благожелательно. Первые императоры династии Тан, Тай-цзун и Гао-цзун, покровительствовали христианам и позволяли им строить церкви. Во время узурпации престола императрицей У Цзэ-тянь, связанной с буддистами, на христиан началось гонение, но узурпаторша была быстро лишена власти сторонниками династии Тан. В 714 г. в империи Тан император Сюань-цзун указом запретил буддизм, а в 745 г. разрешил проповедь христианства. С этого времени несторианство начало распространяться в Джунгарии, находившейся под контролем империи Тан, и обретать неофитов среди кочевников, главным образом басмалов, но довольно долго его успехи были незначительны.

Распространяющееся несторианство встречало сопротивление не со стороны местных религий, пришедших в упадок после падения Тюркского каганата, а от подобных ему прозелитических религий: буддизма, ислама, манихейства и бона. Первые две религии долгое время не находили последователей в Степи. Тонь-кук воспрепятствовал пропаганде буддизма на том основании, что «учение Будды делает людей слабыми и человеколюбивыми», а тюргешский хан Сулу ответил послу халифа Хишама (724–743 гг.) так: «Среди моих воинов нет ни цирюльников, ни кузнецов, ни портных; если они сделаются мусульманами, и будут следовать предписаниям ислама, то откуда же они добудут себе средства к жизни». Ислам представлялся кочевникам исключительно городской религией, и они относились к нему так же, как и бедуины Аравии век назад. Зато манихеи, изгнанные в 732 г. из китайских владений императором Сюань-цзунов, нашли сторонников среди уйгуров и поддержали хана Моянчура в тяжелой внутренней войне.

Поскольку христиане оказались противниками уйгурского хана, то после победы он склонился на сторону манихеев, которые его поддержали. Вскоре Уйгурия быстро превратилась в теократическую державу, где правила манихейская община. Хану оставили только военные дела.

Манихеи, оказавшись у власти, проявили такую религиозную нетерпимость, что рассорились со всеми соседями: тибетскими буддистами и последователями религии бон, сибирскими шаманистами, мусульманами, китайцами и уж, конечно, несторианами. Здесь мы не станем прослеживать политическую историю Уйгурии, поскольку это будет рассматриваться далее, отметим лишь, что, когда эта страна была сокрушена в 840–847 гг. кыргызами, вместе с ней погибла и манихейская община. Опустевшие после ухода уйгуров на юг степи постепенно заселились монголоязычными племенами. Культурная традиция на время оборвалась, но как только восстановился кое-какой порядок, несторианство буквально затопило Центральную Азию.