Город откупился от разграбления, уплатив контрибуцию в 200 тыс. золотых монет. Художники, ремесленники были взяты в плен и отправлены в Каракорум.

Тюркский гарнизон, стихийно примкнувший к монголам, тем не менее был полностью истреблен. В противоположность тому, что произошло в Бухаре, мусульманское духовенство не пыталось оказать сопротивление. В конце концов люди, кому даровали жизнь, получили разрешение вернуться в город, но оставшихся в живых едва ли хватило, чтобы заселить один квартал.

К маю 1220 г. крепости вдоль Сырдарьи пали одна за другой. За пять месяцев тюрко-монголы завоевали Западный Туркестан, Мавераннахр, Фергану. Их четыре армии соединились под Самаркандом.

Пока монголы покоряли Мавераннахр, шах Мухаммед, настроение которого менялось от безумной беззаботности и уверенности в победе до полного отчаяния, оставался в бездействии, но в конце концов все же бежал на Балхаш. Оттуда он перебрался в Западный Хорасан искать убежища в Нишапуре, потом растущий страх погнал его в Казвин, на северо-запад Ирака, в самые удаленные места своей империи. Чингисхан отправил за ним в погоню 25-тысячный корпус во главе с Джэбэ и Субэтэем. Это была отчаянная гонка. Город Нишапур выслал навстречу преследователям делегацию, но спешивший Джэбэ не стал там задерживаться. Зато Субэтэй разгромил Туc, Дамган и Чемнан. Продолжая преследовать Мухаммеда, оба генерала вступили по его следам в Иран, с ходу взяли Рейи и вырезали взрослое мужское население, а женщин и детей сделали рабами. Они галопом проскакали мимо Хамадана и достигли Каруна, где Мухаммед едва не попал им в руки, но они потеряли его след. В отместку они разрушили Зенджан и Казвин. Загнанный Мухаммед укрылся на островке Каспийского моря и там умер в декабре 1220 г. Позже мы проследим за продолжением беспримерного рейда Джэбэ и Субэтэя через Азербайджан, Кавказ и Южную Русь.

Зимой 1221 г. в Ургенч, столицу Хорезма, возвратились сыновья хорезмшаха и обнародовали завещание Мухаммеда о престолонаследии в пользу старшего сына Джелал-ад-Дина. Царедворцы организовали заговор с целью физического уничтожения последнего. Но заблаговременно предупрежденный Джелал-ад-Дин бежал со своими сторонниками в Хорасан, полагая, что там он соберет войско для борьбы с Чингисханом.

Пока происходили эти события, к Ургенчу подошли значительные тюрко-монгольские силы: с севера – Джучи со своим отрядом, со стороны Бухары – войска Чагатая и Угэдея. Зимой 1221 г. началась осада Ургенча. Ургенч был первым из больших городов, который оказал решительное сопротивление. После шести месяцев осады и ожесточенных уличных боев, город был взят (апрель 1221 г.), его население истреблено или уведено в рабство. Тюрко-монгольские войска разрушили плотину на Амударье, и вода затопила весь город.

Монгольские хроники дают понять, что Чингисхан был глубоко раздосадован пирровой победой, которую представляло собой взятие столицы Хорезма: осада Ургенча длилась шесть месяцев, и потери монголов были много тяжелее, чем обычно. Ответственность за это он возложил на императорских принцев, которые руководили военными операциями и в нарушение закона присвоили себе всю добычу, захваченную в городе, не выделив той части, которая принадлежала отцу.

Хан уединился в лагере и в течение трех дней отказывался принять Чагатая и Угэдея. Товарищи хана по оружию уговорили его быть снисходительнее, и конечно же они вели переговоры с принцами, так как те вскоре явились просить прощения. Когда они вошли в шатер Чингисхана, их встретил взрыв гнева. Однако военачальникам из его личной гвардии удалось смягчить гнев властелина, объяснить, что сыновьям не хватило военного опыта и что несколько походов на восток сделают из них настоящих боевых полководцев.

Джучи не явился в шатер великого хана. Он обосновался со своей ордой в степях, которые вскоре должны были стать его уделом. Отношения с отцом оставались натянутыми. Неизвестно, сам ли он решил удалиться, предпочитая держаться на расстоянии от Чингисхана, или его противнику – брату удалось с помощью интриг оттеснить его и навлечь на него немилость хана.

В 1221 г. на территории Центральной Азии уже не было другой власти, кроме тюрко-монгольской. Никто здесь не оказывал больше сопротивления Чингисхану. Основные разрушения пришлись на крупные города. В этой войне больше всего пострадало городское население и частично оседлое сельское население. Кочевники-тюрки участвовали в этой войне – одни на стороне Чингисхана, другие, как его противники.