В дальнейшем Едигей служил до 1391 г. Амиру Темуру, помогая ему в борьбе с Тохтамышем. Вместе с Тимур-Кутлугом Едигею нельзя отказать в кипучей энергии. Не теряя времени, он искал способа стать фактическим правителем Золотой Орды. Он хорошо знал, что, не будучи чингисидом, он не может претендовать на ханский престол, почему и желал иметь подставного хана в лице Тимур-Кутлугоглана, внука Урус-хана. По словам Ибн-Арабшаха, «он не мог присвоить себе названия султана, потому что таким, будь это возможно, провозгласил бы себя Темур, завладевший всеми царствами. Тогда он (Едигей) поставил от себя султана и в столице возвел хана». Положение Едигея в улусе Джучи точно определяет ярлык Тимур-Кутлуга от 1397–1398 гг.: «Мое – Тимур-Кутлугово слово: правого крыла и левого крыла уланам, тысяцким, сотским, десятским бегам во главе с темником Едигеем». Таким образом, согласно ярлыку, он являлся главой всего войска улуса Джучи.

После смерти Тимур-Кутлуга в 1400 г., с одобрения Едигея, ханом избрали его двоюродного брата Шадибека, который все время проводил в пирах и удовольствиях. Сначала Едигей не испытывал никаких затруднений в управлении через него.

Разбив армию Витовта и отрезав Литву от Черного моря, Едигей сосредоточился на восстановлении порядка и дисциплины в Золотой Орде. Как формулирует Муин-ад-Дин, он установил «изысканные обычаи и великие законы». Под первыми он, вероятно, подразумевает строгие церемониальные формы повиновения знати хану; под вторыми – Ясу со всеми ее дополнениями, включая жестокую систему налогообложения. Важным аспектом политики Едигея была попытка прекратить торговлю рабами-тюрками. Еще до тюрко-монгольского нашествия тюркских детей продавали в Египет, где их готовили для отрядов мамлюков. Эта практика сохранялась в конце XIII в. и весь ХIV в. Теперь, согласно аль-Макризи, Едигей запретил «татарам» продавать своих детей в рабство за границу. Едигей, видимо, хотел предотвратить уменьшение численной силы тюрков как основы Золотой Орды. В результате этой политики количество рабов, поставляемых в Сирию и Египет из Золотой Орды, резко сократилось. Позже такая торговля возродилась, но продавали уже не тюркских детей, а черкесских. Необходимо подчеркнуть, что политику Едигея в этом случае нельзя истолковывать как желание свернуть внешнюю торговлю вообще. Напротив, он прекрасно осознавал важность развития торговли в Золотой Орде и в особенности восстановления торговых путей в Центральную Азию. Воспользовавшись смертью Амира Темура (1405 г.), он в 1406 г. захватил Хорезм.

После реорганизации своего государства Едигей почувствовал себя достаточно сильным, чтобы заняться русскими проблемами. По сути дела, Восточная Русь стала практически независимой с момента окончательного поражения, нанесенного Тохтамышу Амир Темуром.

Великий князь Василий Московский под разными предлогами прекратил посылать дань в Орду и не обращал никакого внимания на сетования по этому поводу ханских послов. Подобного отношения Едигей не мог выносить слишком долго. И, проведя ряд блестящих политических интриг с русскими князьями, Едигей со своей ордой подошел к стенам Москвы 1 декабря 1408 г. Первая попытка штурмом взять город успеха не имела. Тогда Едигей устроил свою ставку в нескольких верстах от Москвы и позволил войскам грабить окрестности.