С событиями 1409 г. и последующих лет связана, по всей вероятности, и другая перемена, о которой говорит Йезди, не определяя точно времени. Темур, всегда питавший искреннюю любовь к потомкам Пророка, будто бы выражал желание, чтобы его похоронили у подножия гробницы сейида Береке, его духовного наставника, поэтому «через некоторое время» гроб с телом сейида перенесли из Андхоя в Самарканд и похоронили в «куполообразной постройке, воздвигнутой Темуром, смежной с суфой упомянутой ханаки». Прах Великого эмира положили, согласно его желанию, у ног сейида и в ту же куполообразную постройку перенесли прах Мухаммада Султана.

На смертном одре Темур назначил наследником престола своего внука Пира Мухаммада Джахангира, но тот, являясь правителем Кандагара и Западной Индии, имел мало реальных шансов на престол. Пиру Мухаммаду было 29 лет, и доверенная ему власть над Афганистаном и Индией дала ему возможность проявить качества настоящего государственного деятеля.

Через месяц после смерти Амира Темура Великая империя начала распадаться. Сыновья и внуки Темура вместе с его ближайшими соратниками начали собирать войска для борьбы за власть, и эта борьба длилась пятнадцать последующих лет. Уже не было речи о покорении Китая, армия разделилась на враждующие части, во главе которых встали наиболее честолюбивые и алчные наследники. Сын Мироншаха, Халил, опередил соперников и, первым добравшись до Самарканда, овладел и городом, и короной, а затем предался безумным оргиям со своей любовницей. Пир Мухаммад пытался заявить о своих правах и выступил против него, но лишь в 1409 г. Халил Султан был низложен Шахрухом. После чего сыновья и внуки поспешили еще больше раздробить империю Темура.

Вассалы подняли головы и объявили себя независимыми. Вчерашние поверженные торжественно возвратились в свои столицы, откуда их когда-то изгнал Великий Завоеватель: султан Ахмед Джелаир вернулся в Багдад, Кара Юсуф, правитель Черной Орды, захватил Азербайджан и овладел Табризом. Шахрух, единственный из темуридов, обладавший качествами вождя, терпеливо и настойчиво пытался восстановить империю отца. Он восстановил ядро империи, но без чужеземных государств, которые поделили между собой восставшие вассалы и внуки, объявившие их своими владениями.

Оказавшаяся более хрупкой, чем творение Чингисхана, империя Темура ненадолго пережила своего творца: союз развалился на части, и каждая из них продолжила свою собственную историю. При Шахрухе и его сыне Улугбеке, которые были людьми высокой культуры и изысканного вкуса, продолжала процветать Самаркандская цивилизация вплоть до того рокового дня, когда в 1449 г. тюрко-монголы хана Абулхайра разрушили город и весь Мавераннахр. От мощной империи степей, созданной Амиром Темуром, остались обломки: еще раз единение Азии, которое было его великой мечтой, как и мечтой Чингисхана, ускользнуло из рук гениального человека, осмелившегося осуществить ее.