По словам Ибн Арабшаха, Темур считал Зайн ад-Дина одним из трех духовных покровителей, которым он был обязан своими успехами (двое других были Шамс ад-Дин Кулал и сейид Береке); но в истории Темура после 1381 г. он больше не упоминается, хотя прожил еще восемь лет.

Историки, писавшие при Шахрухе, когда шариат уже явно преобладал перед законами Чингисхана, естественно, были склонны преувеличивать благочестие Темура и его исключительное отношение к вере. Несомненно, что Темур был покровителем улемов, беседовал с ними как равный с равными и относился с особенным уважением к потомкам Пророка. Кроме наследников самого Темура, сейиды были в его государстве, быть может, единственными людьми, жизнь которых считалась неприкосновенной.

Отношение к вере будто бы побудило Темура закрыть увеселительные места в Багдаде, Табризе, Султании, Ширазе, Кермане и Хорезме, несмотря на доход, который они приносили казне.

Как свидетельствует история, для Темура религия чаще была орудием достижения политических целей, чем причиной, определявшей его поступки. Тот же Темур, который в Сирии выступил защитником Али и его потомков, вследствие чего сирийцы считали его ревностным шиитом, в Хорасане восстановил суннитское правоверие, в Мазандаране наказывал шиитских дервишей за оскорбление памяти потомков Пророка. Вполне естественно, что мусульманские богословы в беседах с таким государем всегда опасались западни.

Вопрос о религиозных воззрениях Темура вызывал споры уже в его эпоху Великих завоеваний. Его почтение к Пророку, генеалогическая схема на его могиле, ведущая его происхождение от Али, и присутствие в его армии шиитов дали повод некоторым современникам и поздним ученым назвать его шиитом. Но вряд ли это правильно, так как Темур – выходец из области сильного суннитского влияния – даже использовал необходимость защитить суннизм как предлог для походов против властителей-шиитов. Кроме того, его придворным религиозным советникам был ханафитский ученый Абд-аль-Джаббар Харазми. Религиозная вера Темура с примесью тюрко-монгольских элементов шаманизма была близка к суфийской традиции, и в этом вопросе (вопросе религии) он, очевидно, принадлежал к суфийскому ордену Нахшбанди, чья власть уже хорошо укоренилась в Мавераннахре.

Темур нашел ислам особенно приемлемым для мотивировки своей власти и своих завоеваний. Он предпринимал походы против грузинских царей, шиитских саидов Амула и Мазандарана и немусульманских народов на пути в Индию, руководствуясь принципами шариата. Он благоволил к суфийским шейхам Мавераннахра и Хорасана, чтобы утвердить свой авторитет среди своих соплеменников и оседлых народов, в связи с чем священники не только подтверждали его верховную духовную власть, но и оправдывали его вторжение в исламские страны. В 1382 г. влиятельные шейхи Андхуда и Турбат-и-Шаих-и-Джам в Хорасане поддерживали его предстоящий поход против династии курдов в Герате.

Поддержка Темуром религии служила и для возвеличивания его личности и его династии. Он строил мавзолеи для членов своей семьи рядом с усыпальницами важных суфиев, а один из самых величественных комплексов, сооруженных по приказу Темура, был усыпальницей шейха Ахмада Ясави. Всю свою жизнь Темур высказывал почтение суфийским шейхам, которые входили в число его приближенных, таким образом, он положил начало покровительству деятелям религии, как улемам, так и суфийским шейхам. Однако власть оставалась только в его руках, и он не делился ею со священниками, поэтому ни улемы, ни суфийские шейхи не обладали большим политическим влиянием при его дворе.