Поэтому поступок Пир Али мог быть попыткой вновь объединить племя сулдусов. Интересно, что сулдусскими войсками, участвовавшими в битве Пир Мухаммада с Халилом в феврале 1406 г., командовал не Пир Али, а эмиры из области Хизар-и-Шадман. Эти войска дезертировали, что обусловило поражение Пир Мухаммада, поэтому возможно, что эта экспедиция имела целью установление полного контроля над регионом, где имелась многочисленная, но ненадежная армия. Вскоре Пир Али убил Пир Мухаммада. После смерти последнего Пир Али Таз попытался захватить в этом регионе власть и хотя потерпел неудачу, но причинил много беспокойства, пока не был разбит в 1407–1408 гг. и убит своими сторонниками.

Другим крупным актом сопротивления со стороны племен можно считать восстание Шайха Нур ад-Дина, сына Сарыбуги Джелаира, которого Темур сделал вождем джелаиров. Шайх Нур ад-Дин ушел от Халила Султана в начале 1405 г. и обосновался в Отраре.

Вскоре Шайх Нур ад-Дин вступил в союз с Худайдадом против Халила Султана. В ходе набегов эти эмиры захватили всю пограничную область, включая Сайрам, Ташкент, Андижан, Ходжент, Шахрухию, Отрар и Сыгнак. Самые западные районы, в том числе Отрар и Сыгнак, были землями Шайха Нур ад-Дина, а восточные, включая Андижан, принадлежали Худайдаду. Хотя Халил совершил несколько походов против бунтовщиков, успеха он не имел: они удержали свои территории и дошли до Самарканда.

В конце зимы 1409 г. Худайдад, возможно под влиянием Шайха Нур ад-Дина, написал Шахруху письмо с предложением атаковать с юга, в то время как они пойдут с севера. Когда Шахрух выступил из Хорасана, Худайдад взял в плен Халил Султана и овладел Самаркандом. По мнению Ибн Арабшаха, Худайдаду помогла информация, исходящая от эмиров Халила, но Хафиз-и Абру это отрицает.

Факт, что Хафиз-и Абру считает необходимым отрицать заговор, указывает на то, что это все-таки могло иметь место. Когда Шахрух подошел к Самарканду, Худайдад отступил с Халил Султаном. Позднее Худайдад был убит монгольскими эмирами, у которых он просил помощи, а Халил Султан перешел к Шахруху; Шайх Нур ад-Дин также засвидетельствовал ему свою преданность. В конце 1409 г. Шахрух захватил Мавераннахр, назначил Улугбека правителем и вернулся в Герат. Это восстание надо считать бунтом самых влиятельных соратников Темура, не желавших попасть под власть принца, не такого сильного и талантливого, как их прежний хозяин. Именно эти люди – высшие лица из свиты Темура – бросили самый большой вызов принцам-темуридам.

В эти годы было несколько аналогичных восстаний сподвижников Темура и в других провинциях. Они были преданны самому Темуру, но не считали себя подданными его наследников, поэтому подумывали над тем, чтобы продолжить политику племенной знати. Они возвращались к системе улуса Чагатая, где лояльность была делом добровольным, а союзы заключались по воле племенных вождей. Эмиры Темура, особенно его личные сподвижники, считали себя независимыми союзниками принцев. А принцы смотрели на них как на подданных, требовали от них послушания и стремились наказать строптивых. Кроме упомянутых выступлений, племена улуса почти не нарушали спокойствия.

История Мавераннахра при правлении Халил Султана свидетельствует об огромных изменениях, которые совершил Темур в улусе Чагатая. Во время прихода Темура к власти в этом регионе основными политическими силами были тюрко-монгольские племена улуса. После его смерти большинство племен продолжали существовать, и два из них – сельдусы и барласы – сохранили свою идентичность, но уже не были столь влиятельными. Борьбу за наследство вели представители новой элиты – семья Темура и его сподвижники, которые в основном базировались за пределами улуса. Когда Халил потерял свою власть, она перешла в Шахруху, правителю Хорасана.