До тех пор, пока существовал Великий Тюркский каганат, среди кочевников не возникало необходимости для пересмотра своих идеологических принципов. Но как только империя распалась, положение изменилось: пришлые миссионеры стали развенчивать религию тэнгрианства и культ духов предков. Некоторые тюркские ханы начали воспринимать новые идеи, приносимые из Сирии и Ирана.

Между исламом и древней тюркской религией много схожего, на это сходство обычно и делают акцент. Великий небесный Бог у монотеистов, видимо, ассоциировался с Аллахом, мусульманская вера в джиннов и ангелов способствовала сохранению, пусть и в измененном виде, старых второстепенных божеств, бесчисленных «хозяев-духов». Однако существовали и противоречия, когда речь шла об обычае, диаметрально противоположном Корану, например культ мертвых и культ захоронений. Существовали и абсолютные разногласия в вопросах, по которым обе стороны твердо стояли на своем и не шли на компромисс. Например, ритуал жертвоприношения животных: согласно исламу животному надо перерезать горло и выпустить кровь, а у тюрков требовалось задушить его без единой капли крови. Это противоречие было одним из препятствий к обращению тюрков.

Что касается сельджуков, то они частично обязаны своим успехам присоединению к суннитской ветви и верностью халифату. Из этого вытекала вся их политика, и роль сельджуков в этом смысле была значительной. Нет никаких оснований полагать, что их внутренние порывы не соответствовали их реальным действиям. Но какой бы ни была искренность их веры, они сохранили многие языческие традиции и были исключительно терпимы к различным конфессиям. Толерантность особенно проявилась в Анатолии, где население в массе своей было христианским. Султаны организовывали дебаты, на которые приглашали ученых мужей, представителей различных вер. У принцесс-христианок были свои священники и своя молельня в сельджукских дворцах. Кылыч Арслан II писал своему другу, сирийскому патриарху Малатии, что благодаря его молитвам он победил византийцев. Возможно, что все это диктовалось необходимостью мирного сосуществования, но это также отвечало привычкам и идеалам тюрков: так было у хуннов, уйгуров, чингисидов и Великих Моголов. Ислам относился исконно терпимо к евреям и христианам, и в мусульманском мире этому феномену не было ничего подобного. Арабские путешественники Средних веков, бывая в Малой Азии, неизменно возмущались этой ситуацией.

Народные массы отличались еще большей «неверностью». По правде говоря, они были лишь частично исламизированы, или же исламизация означала для них простое признание ислама. В литературе даже более поздних времен встречаются доказательства этого факта, которые сами по себе убедительны, даже если не сверяться с другими источниками. Первая тюркская версия Хамзы (XIII в.) истории Иосифа и жены Путифара («Юсуф ве Целия»), высоко ценимая в мусульманском мире, начинается, как и все мусульманские тексты, с выражения «Во имя Аллаха, Милостивого и Милосердного». И Хамза считает своим долгом объяснить по-тюркски все слова этого ежедневного обращения, включая имя Аллаха. Еще позже в огузском эпосе «Деде Коркута» на каждой странице встречаются следы тюркского язычества, а также молитвы, обращенные к божественной триаде – горе, воде и дереву. Тем не менее за период между концом XI и серединой XIII в. влияние язычества постепенно уменьшалось, затем возросло в связи с тюрко-монгольским нашествием и снова пошло на убыль начиная с ХV в. Стоит ли еще раз говорить о его жизнестойкости на протяжении тысячелетий.