После разгромного поражения Бабура и его союзников в Гидждуване, Джаныбек-султан, преследуя остатки войск противника, проник в Хорасан, Убайдулла-хан также последовал его примеру. Блокируя неприятельские крепости и форты, они приступом брали их и, подойдя к Герату, осадили его. Но вскоре между Джаны-беком и Убайдуллой-ханом возникли принципиальные разногласия, в результате которых раздраженный Джаныбек со своим войском повернул на Балх, а Убайдулла, сняв осаду Герата, ушел в Мерв. Вскоре туда прибыл сын Шейбани-хана Тимур-султан, который уговорил Убайдуллу двинуться объединенными силами на Мешхед. Узбеки без особого труда взяли его. Когда же эта весть дошла до шахского наместника Герата, тот, долго не раздумывая, бежал с войском в далекий Исфахан. Не мешкая, Тимур-султан занял Герат, провозгласил себя ханом, отчеканил монеты со своим именем, но пробыл в этом положении всего лишь сорок дней: армия шаха Исмаила приближалась к Герату. Тимур-султан, забрав с собой как можно больше гератцев, увел их за Амударью. Убайдулла-хан, узнав о стремительном продвижении армии Исмаил-шаха, также решил покинуть Мешхед и, захватив жителей города, вернулся в Бухару. Джаныбек-султан, оценив обстановку и поняв, что положение узбеков в Хорасане неустойчиво, перейдя за Амударью, удалился в свой удел в Кермине, захватив с собой жителей Шибиргана, Андхоя и Балха.

Согласно древнего тюрко-монгольского обычая узбеки уводили за собой множество пленных для обращения их в рабов или для продажи на сторону, благо, что уведенные были еретики-шииты. Тем более что шиитская ересь бухарскими муллами и прочими законоведами была приравнена к «неверию», ее последователей дозволялось продавать в рабство, а браки с ними признавались «мерзкими».

Таким образом, пришедшие к власти узбекские ханы и султаны, будучи не только рабовладельцами, по своим феодально-кочевым понятиям стали фанатиками суннитского правоверия.

Когда узбекам уже ничто не грозило со стороны чагатайцев, моголов, казахов и персов, старый Суюнчи-Ходжа-хан решил реализовать давно созревший у него план – пойти вой ной на еретиков-шиитов. Как старейшина дома Шейбани он имел право объявить об этом предприятии, к тому же, предлогом похода была месть шиитам за гибель Шейбани-хана. Разумеется, все узбекские царевичи и эмиры во главе с Убайдуллой-ханом встали под знамена Суюнчи-Ходжа-хана. Весной 1524 г. объединенная армия узбеков двинулась на Хорасан. По понтонному мосту армия переправилась на противоположный берег Амударьи и на подступах к Балху расположилась лагерем. Знать города с богатыми дарами вышла встречать Суюнчи-Ходжи-хана. В Балхе армия хана не задержалась, поскольку разведчики донесли, что наследный персидский принц Тахмасп (1542–1576 гг.), сын шаха Исмаила, обеспокоенный нашествием узбеков, отсиживается за стенами Герата. Этот факт благоприятствовал скорейшему выступлению узбекских войск на столицу Хорасана. Все, казалось, складывалось как нельзя лучше для реализации задумки Суюнчи-Ходжи-хана, однако амбиции узбекских султанов обернулись, по сути дела, предательством по отношению к нему. В тот день, когда произошло сражение узбекских войск с армией Тахмаспа, и победа уже склонялась на сторону хана, султаны, вместо того, чтобы ускорить процесс победы, приказали своим воинам повернуть коней к Амударье, на Мавераннахр. В результате чего армия Суюнчи-Ходжи-хана потерпела поражение, но персы не преследовали ее в ходе отступления.

В конце 1524 г. Суюнчи-Ходжи-хан вернулся в Ташкент, где занялся подготовкой нового похода на Хорасан, однако серьезно заболел и весной 1526 г. умер, назначив перед смертью преемником своего сына Мухаммед-султана. В середине 1526 г. Мухаммед-султан был провозглашен ханом Ташкента и Ферганы.