После смерти Чагатая (1242 г.), судя по дворцовым драмам в течение десятилетия, можно предположить, что улус Чагатая в те годы не имел полной автономии и зависел от Каракорумского двора и от происходивших там семейных интриг. В сущности, это было просто вице-королевство, тесно связанное с центральной властью, несмотря на его право старшинства по отношению к домам Угэдея и Толуя.

С 1252 по 1261 г. правила ханством Чагатая Органа – очень красивая, мудрая и осторожная принцесса.

Однако затем ханство вновь оказалось жертвой борьбы, которая происходила в Монголии за верховную власть между тогдашним ханом Хубилаем и его братом Ариг-Букой, о чем говорилось выше. Ариг-Бука назначил правителем Чагатайского ханства внука Чагатая, принца Алугу, сына Байдара, поручив ему охранять границу по Амударье, чтобы помешать персидскому хану Хулагу послать подкрепление Хубилаю. Алугу отправился в Бешбалык, взял власть у принцессы Органы и получил признание от Алмалыка до Амударьи.

Его царствование продолжалось с 1261 по 1266 г., но его политика была совсем не такой, какую ожидал Ариг-Бука.

В разгар борьбы между Хубилаем и Ариг-Букой Алугу в первый раз в истории улуса повел себя как суверенный хан. Его сюзерен Ариг-Бука послал к нему сборщиков налогов, оружия и скота. Алугу казнил посланцев Ариг-Буки и объявил о своей поддержке Хубилая (1262 г.). Ариг-Бука пришел в ярость и двинулся на улус Чагатая. Первую победу Алугу одержал, разгромив неприятельский авангард у Пулада, однако победа вскружила ему голову, и он допустил ошибку: распустил свои войска и спокойно вернулся в свою резиденцию на Или. В это время подошел другой генерал тюрко-монголов с новой армией и захватил бассейн Или, занял Алмалык и заставил Алугу бежать. Затем Ариг-Бука сам перезимовал в Алмалыке, центре улуса Чагатая, а Алугу отошел в Самарканд (1262–1263 гг.). Ариг-Бука обошелся с богатым бассейном Или с такой жестокостью, разорив страну и перебив всех сторонников своего врага, что там начался голод. Из-за чего его же покинули собственные войска. Такое положение побудило Ариг-Буку к заключению мира с Алугу. Принцесса Органа прибыла в улус протестовать против разрушения ханства Чагатая. Тогда Ариг-Бука поручил ей и Масуду Ялавачу отвезти предложение о мире в Самарканд, где находился Алугу. Но там произошло неожиданное: когда посланники появились в Самарканде, Алугу женился на Органе, а Масуда Ялавача сделал министром финансов. Приобретение Масуда было для него бесценным подарком судьбы. Этот талантливый администратор сумел впоследствии взять в Бухаре и Самарканде солидную контрибуцию, которая позволила Алугу и Органе набрать большую армию. Таким образом, Алугу отразил нападение принца Кайду, внука Угэдея, который двигался из Имиля, своей вотчины. Что касается Ариг-Буки, то он, лишенный средств, атакуемый с запада войсками Алугу, с востока – великим ханом Хубилаем, был вынужден отдать себя в руки последнего (1264 г.).

В результате этих событий Чагатайское ханство, если не юридически, то хотя бы фактически, избавилось от опеки великих ханов. Масуд Ялавач, который раньше управлял Бухарой и Самаркандом от имени великих ханов, стал собирать там налоги в пользу Алугу. Последний расширил свое ханство во время войны с кыпчакским ханом Берке, отобрав у него Отрар, полностью разрушив его и Хорезм.

После смерти Алугу (1265 г.) его вдова Органа посадила на трон своего сына от первого брака с Кара-Хулагу (внуком Чагатая) по имени Мобарек, который первым из дома Чагатаев обратился в ислам под влиянием мавераннахрцев. Но другой чагатаид, Бурак, внук Мутугена, получил от великого хана Хубилая ярлык, которым он назначался вторым регентом наряду со своим двоюродным братом Мобареком. Прибыв на берега Или, Бурак привлек на свою сторону войска, схватил Мобарека в Ходженде (1266 г.), отобрал у него трон и дал ему малозначимую должность. Несмотря на то, что он до этого поссорился с великим ханом, Хубилай назначил одного из его людей, Моголтая, губернатором «китайского» Туркестана. Бурак изгнал этого чиновника и заменил его своим человеком. Хубилай послал 6 тыс. всадников, чтобы восстановить снятого губернатора, но Бурак выставил 30 тыс. солдат, которые заставили конницу великого хана уйти без боя. Кроме того, Бурак разрешил своим войскам разграбить Хотан, поддерживавший Хубилая.

Бураку меньше повезло в войне против Кайду. Последний, будучи главой дома Угэдея, царствовал на Имиле и претендовал, в противовес Хубилаю, на титул великого хана и сюзерена над остальными чингисидскими улусами. Он начал с того, что потребовал повиновения Бурака и атаковал его. В первом сражении на берегу Амударьи Бурак заманил противника в засаду и взял много пленных и большую добычу. Но Кайду получил помощь от кыпчакского хана Менгу-Тимура, который послал против Бурака пятидесятитысячное войско под командованием принца Беркеджара. Бурак, потерпев поражение, отошел в Мавераннахр, где посредством новых поборов с жителей Бухары и Самарканда пополнил и перевооружил свою армию. Он готовился к последней схватке, когда Кайду предложил ему заключить мир. Кайду действительно хотел развязать себе руки в Монголии в борьбе против Хубилая и был согласен оставить Мавераннахр Бураку при условии, что тот уйдет из Или и Туркестана и, кроме того, признает себя его вассалом. Большой примирительный курултай собрался в степи Катвана, к северу от Самарканда, в 1267 г. (по данным Вассафа) или на Таласе весной 1269 г. (по сведениям Рашид-ад-Дина). Кстати, на Таласе находилась постоянная резиденция Кайду после его победы над чагатаидами.