В 1338 г. папа Бенуа ХII назначил в Алмалык епископа, францисканца Ришара Бургундского. Но почти сразу, в 1339–1340 гг., Ришар принял мученическую смерть от рук илийских мусульман вместе со своими соратниками: Франсуа из Александрии, Паскалем из Испании, Лораном Анконским, братом Пьером, индусом, служившим переводчиком, и торговцем Джилотто. В следующем году в долину Или все-таки прибыл другой папский легат, Кан де Мариньолли. Он ехал с официальной миссией к великому хану Пекина через Каффу, Кыпчакское ханство и Чагатайское ханство. Он остановился в Алмалыке, проповедовал, построил или перестроил церковь, крестил многих жителей. Его роль посла при великом хане заслуживает уважения, тем более что его предшественников просто убили. Однако после его отъезда христианская община Алмалыка быстро исчезла. А то, что оставалось от старого несторианского центра на берегах Или, не пережило преследований темуридов.

Итак, Чагатайское ханство разделилось на два ханства во главе с двумя разными ветвями ханской семьи: Мавераннахр, с одной стороны, а с другой – Моголистан: Иссык-Куль, Талас, Или, верховье Чу, Эбинор.

В Мавераннахре (ханская резиденция в Карши) правил Казан (1343–1346 гг.), сын Яссавура, которого «Зафарнаме» изображает как тирана. Возможно, это связано с тем, что он пытался подавить непослушную тюркскую знать Мавераннахра, которая посадила его на трон. Вождем этой знати был в то время эмир Казган, надел которого находился на северном берегу Амударьи, севернее Кундуза. Он поднял бунт против Казана, но тот разгромил его в первом сражении между Термезом и Карши и, как говорится в источниках, выбил стрелой глаз Казгану. Но вместо того, чтобы развить свой успех, Казан перезимовал в Карши, где часть его войск бросила предводителя. И Казган снова напал на него, разбил его войско, а сам Казан погиб (1346–1347 гг.).

Став хозяином Мавераннахра, Казган разорвал отношения с чагатаидами и посадил на мавераннахрский трон марионетку, потомка Угэдея по имени Данишмендиа (1346–1347 гг.), после чего умертвил своего ставленника и, вернувшись к чагатаидам, сделал ханом Буян-Кули, внука Дувы (1348–1358 гг.). Похвалы «Зафарнаме» в адрес Буян-Кули говорят о том, что в руках Казгана он был послушным исполнителем.

В сущности, чагатаиды Мавераннахра уже были не более чем ханами-марионетками, а вся власть перешла в руки местной тюркской знати – сегодня Казган, завтра Амир Темур. Так называемое монгольское ханство превратилось в тюркское царство.

Правление Казгана (1347–1357 гг.) не было бесславным. Он начал с того, что показал силу мавераннахрцев в Иране. Иранский царь Герата, Хоссейн Керт, разграбил районы Андхоя и Шебургана, зависимые от Мавераннахра, хотя находились они на южном берегу Амударьи. Казган привел с собой марионеточного хана Буян-Кули, заблокировал Герат (1351 г.), и заставил Керта признать себя его вассалом и в этом качестве нанести визит в Самарканд. Таким образом, когда исчезновение тюрко-монгольского ханства в Иране вызвало в Восточном Иране неожиданную иранскую реставрацию (керты в Герате, сарбедарийцы в Себзеваре, мозаффериды в Ширазе), Казган, истинный прототип Амира Темура, решил поставить во главе мавераннахрской знати тюркский элемент взамен иранского.

После убийства Казгана (1357 г.) его сын Мирза Абдаллах оказался неспособен продолжить дело отца. Он возжелал жену хана Буян-Кули и, чтобы заполучить ее, велел убить этого принца в Самарканде (1358 г.), чем вызвал недовольство мавераннахрских феодалов, в частности враждебное отношение Байана Сельдуза и особенно Хаджи Барласа, дяди будущего Амира Темура, правителя Кеша. Они вдвоем изгнали Абдаллаха в Андереб, в северной части Гиндукуша, где он умер. Распри между мавераннахрскими феодалами ослабляли их и в конце концов спровоцировали неожиданную чингисидскую реакцию.

Итак, пока чагатайская ветвь Мавераннахра превращалась в семью ханов-марионеток при местных тюркских феодалах, кочевники Моголистана после недолгого периода анархии восстановили ханскую власть чагатаидов. Главным монгольским кланом этого региона были дуглаты, владевшие очень большими территориями как в Моголистане, вокруг Иссык-Куля, так и в Кашгарии, которая тогда называлась Алты-Шахр. В середине ХIV в. клан дуглатов возглавляли три брата – Тулик, Буладжи и Камар-ад-Дин, которые были фактическими хозяевами страны. Как сказано в «Тарихи-Рашиди», в 1345 г. Буладжи правил от Иссык-Куля до Кучи, а также в Бугуре и вдоль границы Ферганы с Лобнором, его ставка находилась в Ак-Су. Именно он предложил отыскать выходца из семьи чагатаидов, не связанного с феодалами Мавераннахра, и восстановить в его лице Илийское ханство, или, как тогда называли эту территорию, Моголистан.

Оказалось, что в восточной части Моголистана живет некий Туглук-Тимур, никому почти не известный, хотя его считали сыном Есен-Буки. Этого настоящего – или ненастоящего – чагатаида Буладжи велел привезти в Ак-Су. Там он устроил ему пышный прием и провозгласил ханом. Старший брат Буладжи, Тулик, стал первым эмиром империи.