Мурзы же, кочевавшие на востоке Ногайской Орды, зачастую занимали антирусскую позицию, так как экономически не были заинтересованы в расширении взаимовыгодной торговли с Россией.

В конце 40-х гг. XVI в. ногайским беком становится Юсуф. Его отношение к России было сложным: он требовал от русской стороны признания себя правителем, равным по рангу золотоордынским или крымским ханам. Русская сторона не могла принять подобные требования. Несколько раз Юсуф собирался устроить поход на русские земли, но каждый раз эти замыслы срывались.

Брат Юсуфа Исмаил, второе лицо среди ногайской знати, занимал доброжелательную по отношению к России позицию. Это имело объяснение: он контролировал западную часть Ногайской Орды и был кровно заинтересован в стабильных дружественных отношениях с Москвой для торговли. Когда фактически прекратились отношения Юсуфа и Москвы, отношения с Исмаилом продолжались. Русские власти делали на него ставку, стремясь вызвать конфликт между братьями и ослабить Орду в целом. В начале 50-х гг. XVI в. Исмаил сорвал несколько походов против России, в том числе и в 1552 г., когда шла осада Казани. В конце 1554 г. Юсуф погиб, и беком стал ориентировавшийся на Россию Исмаил. Теперь России можно было не опасаться набегов многочисленной ногайской конницы на границы и укреплять свое положение в недавно подчиненной Астрахани.

В действительности смерть бия Юсуфа была лишь началом бедствий, которые обрушились на Ногайскую Орду. Война между Исмаилом и его племянниками (детьми Юсуфа) продолжалась несколько лет и характеризовалась небывалым ожесточением и гибелью большого числа кочевников. Лишь в 1557 г. Исмаилу удалось окончательно утвердиться на престоле. В довершение всех бедствий на Орду обрушились страшный голод и эпидемии. В результате Ногайская Орда никогда больше не смогла добиться того могущества, какое у нее было до смуты 50-х гг. XVI в. Начинается повальное бегство подданных бека на правую – крымскую – сторону Волги.

Хорошие отношения с Исмаилом не мешали Ивану IV с почетом принимать в России его династических соперников – родственников погибшего бека Юсуфа.

Исмаил-бек умер в 1563 г. В последние годы его правления Орда смогла несколько усилиться, но в действительности она была намного слабее, чем до начала его правления.

После смерти Исмаила беком стал его сын Дин-Ахмет (1563–1578 гг.). Новый правитель подтвердил преемственность политики на союз и сотрудничество с России. Преемником Дин-Ахмета стал Урус (1578–1590 гг.), который, в конце концов, постепенно склонился к антирусской позиции: начались переговоры Ногайской Орды с Крымским ханством и набеги их отрядов на пограничные территории России. Причину такой смены внешнеполитической ориентации следует искать, видимо, в стремлении бека Уруса к равноправным отношениям с царем и желании получать больше «жалованья». Впрочем, Урус еще раньше, в 1569 г., во время похода турок на Астрахань, снабжал армию вторжения продовольствием и фуражом.

Одной из причин ухудшения отношений между Ногайской Ордой и Россией было также основание русских городов в Поволжье. В 1586 г. была основана Самара, в 1589 г. – Царицын, в 1590 г. – Саратов. Был построен город и в Башкирии, на той земле, которую ногаи считали своей, – Уфа (1586 г.). Бекам объясняли, что новые города призваны защитить ногаев от нападений волжских казаков, которые в то время стали сильно беспокоить Орду. В действительности же города основывались на местах самых удобных переправ через Волгу с целью прекратить набеги кочевников. Все требования ногайской стороны оставить вновь построенные города отвергались. Среди самих ногаев не было единства: часть переходила на крымскую сторону Волги и присягала крымскому хану, часть уходила в так называемую Малую Ногайскую орду на Северном Кавказе. Значительная часть мурз не поддерживала антирусского курса бека склонялась к дружбе с Москвой. Но в 1581 г., когда Сарайчик был сожжен вольными казаками, ногайские власти обвинили в организации нападения русское правительство. Вообще же казаки в конце 70-х – начале 80-х гг. XVI в. обосновались на реке Яик, на исконных ногайских землях. В 1586 г. бек предпринял попытку взять казачий городок, но его войска были разбиты пришельцами. В таких условиях в том же 1586 г. Урус был вынужден пойти на нормализацию отношений с Россией.

В конце XVI в. на Яике появляются и русские правительственные воеводы, которые, несмотря на протесты Ногайской Орды, основывают Яицкий городок.