После гибели бека в Ногайской Орде начинается очередная смута. Не осталась в стороне от событий и Россия: ей было выгодно ослабление Орды.

Во второй половине XVI в. Ногайская Орда распалась на Ногаи Большие, Ногаи Малые и Алтыульскую орду, которые выдающейся исторической роли не сыграли.

После кровавой междоусобицы уцелели лишь жалкие остатки когда-то могучего государственного образования. Территория ногаев теперь ограничивалась в основном междуречьем Волги и Яика. Беком стал Иштерек (1600 г.). Зависимость Орды от русских властей росла. Усиливался разброд среди самих ногаев, большие их группы откочевывали под власть Крымского ханства.

Российское правительство активизировало проведение политики по разжиганию ссор между различными представителями ногайской аристократии, стремясь не допустить восстановления единства Ногайской Орды. В разгар кризиса в 1619 г. Иштерек умер.

После его смерти вспыхнула очередная междоусобица, поддерживаемая русскими властями в Астрахани. В конце концов новым беком был провозглашен Канай, но успокоения в степях не наступило, продолжались войны. Ситуация еще больше усложнилась с началом широкомасштабного нашествия калмыков, которые и нанесли Орде смертельный удар. Большая часть ногаев тогда перешла на правую сторону Волги. Много вреда ногаям причинили и астраханские власти, правительственные воеводы, стрельцы. Фактически к середине 30-х гг. XVII в. Ногайская Орда прекратила свое существование, а последний бек Канай оказался в астраханской тюрьме, где и умер в 1638 г.

Итак, Ногайская держава доминировала и являлась одним из безусловных гегемонов Восточной Евразии, хотя и сравнительно непродолжительный срок – в конце XV и первой половине XVI в. Апогей ее могущества пришелся на вторую четверть XVI столетия, после чего происходит постепенное ослабление ее и в конце концов распад.

С Ногайской Ордой и выходцами из нее соприкасались и отчасти ассимилировались предки казахов и кыргызов, татар казанских и крымских, сибирских и астраханских, башкир и каракалпаков, туркмен и калмыков, донских и уральских казаков, а также многих народов Северного Кавказа.

В ходе своих миграций ногаи несли и элементы духовной культуры. У тюркских народов Евразии (ногайцев, татар, башкир, казахов, каракалпаков и др.) сложился общий пласт героического эпоса, так называемый ногайский цикл, повествующий о Едигее и его потомках. Сама фигура родоначальника мангкытских беков Едигея была сакрализована казахами и каракалпаками, которые почитали его как покровителя лошадей. Народ ногой фигурирует и в героическом эпосе кыргызов «Манас».