Когда известие о гибели Шейбани-хана под Мервом дошло до Самарканда и Бухары, это было как гром среди ясного неба для членов ханского дома и породило среди них растерянность и тревогу, в центрах же бывших темуридских владений – Герате, Мешхеде и др. – та же весть, разумеется, была встречена с нескрываемой радостью и с надеждами на скорое освобождение от ига кочевников.

В то время, когда узбекские султаны решали вопрос, кому быть главой государства и что делать дальше, шах Исмаил совершал триумфальное шествие по Хорасану, продвигаясь на восток почти без сопротивления. Высланный им авангард без боя занял Герат, в который вскоре торжественно въехал шах, восторженно встреченный как знатными, так и всеми прочими жителями столицы, а равно и окрестным сельским населением, потому что все видели в новом завоевателе избавителя от произвола, грабежей и насилия узбеков, на которых теперь обрушилась народная ярость.

Однако при вступлении в Герат шах Исмаил выказал свой религиозный фанатизм в полной мере. Когда шах въехал в столицу Хорасана и приказал прочитать в соборной мечети хутбу с упоминанием двенадцати шиитских имамов и шиитской формулой, то престарелый хатиб отказался это сделать, за что и был изрублен во дворе мечети. Восьмидесятилетний шейх-уль-ислам Герата, приведенный к шаху и отказавшийся исповедовать шиизм, был собственноручно убит шахом из лука, его тело было приказано вздернуть на высокое дерево, а потом это дерево выдернуть с корнями и сжечь вместе с казненным. Даже имя знаменитого персидского поэта Джами было приказано переправлять на Хами (выскоблить точку под буквой джим и поставить ее наверху), вследствие этого имя поэта приобретало значение «недопеченность», «незрелость». Памятник поэту на могиле, богато отделанный, с пышной декорацией из деревьев, зелени посреди большого двора, который был оформлен Алишером Навои, шах Исмаил приказал разрушить до основания. В тот же день в соборной мечети Герата на торжественной общественной молитве была прочитана хутба на имя шаха Исмаила с шиитской религиозной формулой и с упоминанием двенадцати шиитских имамов.

Шах провел зиму в Герате, назначив на высшие посты правителя города, судьи и т. д. своих ставленников, за это время им были приняты выражения покорности от многих соседних правителей. Среди последних были и темуридские принцы: Увейс-мирза и Мухаммед-Яр-мирза, внуки Абу-Саид-мирзы. Первый, известный под именем Хан-мирзы, был правителем Бадахшана. Они были особенно ласково приняты шахом, причем, Ханмирза получил от шаха грамоту на управление не только Бадахшаном, но и Гисаром.

Торжественно отпраздновав в столице Хорасана Навруз, шах Исмаил весной 1511 г. выступил с войсками из Герата, предполагая начать поход в Заамударьинские области. Когда шахские войска дошли до Меймене и Фарьяба, то, узнав об этом, наиболее энергичные и волевые представители ханского дома – сын Шейбани-хана, Мухаммед-Тимур-султан, племянник Шейбани, Убайдулла-султан, и примкнувшие к ним некоторые другие узбекские султаны – решили выразить шаху покорность, послать ему подарки, ибо они полагали, что как только шах перейдет Амударью, то узбекам уже никогда не придется больше жить в Мавераннахре. По-видимому, чтобы письмо и подарки были шахом благосклонно восприняты, действовали через Махмуда Согарджи, бывшего визиря Шейбани-хана, ставшего сановником шаха. В целях сохранения выгодных пунктов заключаемого с узбеками договора Махмуд Согарджи, испросив разрешения шаха, отправился с узбекскими послами в Мавераннахр. Там Махмуду был оказан торжественный прием, во время которого Мухаммед-Тимур-султан и Убайдулла-султан торжественно поклялись во всем повиноваться шаху, если шах предоставит им области по правую сторону Амударьи. Бывший визирь обнадежил узбекских султанов в милостивом к ним отношении шаха Исмаила. Последний согласился на просьбу узбеков, и мир был заключен при условии, что все районы по левому берегу Амударьи отходят Ирану.