Здесь следует обратиться к событиям, происшедшим после поражения и гибели Шейбани-хана. Когда Шейбани-хан, направляясь форсированным маршем в Мерв, послал гонцов в Мавераннахр, требуя от своих феодалов, узбекских султанов, спешно направить ему подкрепление, то, естественно, при столь огромных расстояниях и единственно быстрой передаче вестей верховыми нарочными, не все султаны получили одновременно приказ своего сюзерена – хана. Те, которые правили далеко на севере, в Туркестане, получили его позже всех. К числу таких принадлежал дядя Шейбани-хана, Суюнчи-Ходжа-хан, имевший своим уделом Ташкент. Со значительным войском он переправился через Сырдарью, намереваясь идти на помощь Шейбани-хану к Мерву. Брат Суюнчи-Ходжи Кучкунджи-хан (иначе Кучум-хан) задержался в своем уделе, в Туркестане, опасаясь нападения энергичного казахского Касым-хана. На подступах к Самарканду Суюнчи-Ходжа получил потрясшее его известие, что Шейбани-хан, не дожидаясь подхода узбекских султанов, с войсками вышел из Мерва против шаха, потерпел поражение и погиб в бою. Самаркандская знать, по-видимому несколько ранее узнавшая о катастрофе под Мервом, услышав о приближении Суюнчи-Ходжи, поспешила выехать к нему навстречу и ввести его в город. В соборной мечети Амира Темура была прочитана хутба и выбита монета с именем Суюнчи-Ходжи-хана. Последний расположился в цитадели города, во дворце Ак-Сарае, где ему принесли свои поздравления узбекские султаны, беки, знатные самаркандцы. По погибшему Шейбани-хану был объявлен траур.

Столь спешное провозглашение ханом Суюнчи-Ходжи было вызвано чрезвычайными обстоятельствами. Когда узбекские султаны узнали о прибытии Суюнчи-Ходжи в Самарканд, они поспешили выразить ему свое почтение. Тем временем стало известно, что покинувшие войско Шейбани-хана моголы овладели некоторыми районами Бадахшана и, опираясь на них, против узбеков выступил наместник Бадахшана – темурид Хан-мирза, который призывал примкнуть к нему и другого темурида, Бабура, дабы тот избавил Мавераннахр от господства узбеков. «И мысли узбекских султанов в силу древней Ясы склонялись к тому, чтобы предоставить ханский престол Кучум-хану как старейшему из ханского дома, но поскольку он был занят отражением нападения войск Касым-хана, отсрочка же избрания хана явилась бы причиной дальнейших несчастий, то в соборной сахибкыранской мечети (т. е. мечети Биби-Ханум), перед совершением пятничной молитвы, узбекские султаны и правители сошлись на том, чтобы быть в ханском достоинстве Суюнчи-Ходжи-хану. И в месяцы 917 г. хиджры (март 1511 г. – март 1512 г.) украсили хутбу и чекан монеты его августейшим именем и титулом. После пятничной молитвы его величество, прибыв в Ак-Сарай, осчастливил царский трон своим благополучным восшествием на него» – так описывает эти события современник.

Утвердившись на престоле, Суюнчи-Ходжа-хан раздал области государства отдельным принцам своего рода. Так, Гисар он отдал в совместное владение своим сыновьям Хамзе-султану и Мехди-султану, Фергану – Джаныбек-султану, Бухара была по-прежнему сохранена за Убайдулла-султаном, как и Туркестан за Кучум-ханом и его сыновьями, Кеш (Шахрисабс), Нахшеб (Карши), Хузар и Дербенд с их районами до берегов Амударьи были отданы во владение сына Шейбани-хана Тимур-султана.

В это время над Мавераннахром нависла реальная угроза вторжения войск шаха Исмаила. Разумеется, первой жертвой стали бы владения Тимур-султана. Здраво оценив ситуацию, последний вступил с шахом в мирные переговоры. С этой целью правитель Ирана направил к Тимур-султану своих представителей, и тот «воспользовался удобным случаем и, неосторожно преклонив ухо к басням и лести персов, растворил ворота общения с ними». Очевидно, у Тимура-султана была надежда, что за ним последуют все узбекские султаны и ханы. Для правомерности заключения мирного договора необходима была санкция верховного главы узбеков. Но когда к Суюнчи-Ходже-хану прибыли персидские послы с богатыми подарками и с мирным договором, заключенным с Тимуром-султаном, хан вознегодовал: «Приличествует ли нам мириться с таким человеком, на котором лежит наша месть за кровь убитого им нашего вождя – родича и который к тому же враг веры?!» Униженные послы были выдворены за пределы Самарканда, а Тимуру-султану был послан ультиматум, дабы «он без битвы и без острой сабли не стремился прекращать сношений с персами». Возникла явная неприязнь между Суюнчи-Ходжи-ханом и Тимуром-султаном. Внутренние враги шейбанидов, но до этого времени старательно служившие узбекским ханам, ведя междоусобную распрю, переметнулись на сторону Бабура.