Мирза-Хайдар, двоюродный брат Бабура, с почтением описывающий его деяния в своих мемуарах, в вопросе о связи султана с шиитами занимал непримиримую позицию: «Население просило Аллаха и надеялось, что раз по необходимости пришлось переодеться в одежду кызылбашей, то как только совершится восшествие государя на престол Самарканда, укрепленный пророческим шариатом, и он возложит на голову венец сунны Избранного (т. е. Мухаммеда), то государь, сбросив с головы шахскую корону, особенностью которой является ересь, а внешней формой – ослиный уд, отправит ее в задницу шиитской партии, поскольку последняя увенчала себя ею по своей ослиной природе».

Но как велико было разочарование самаркандцев, когда в ближайшую пятницу в соборной мечети столицы была прочитана хутба с провозглашением Бабура падишахом, но с упоминанием двенадцати шиитских имамов и с провозглашением титулов шаха Исмаила I. Пошли толки и пересуды совершенно не в пользу Бабура. Ко всему этому приходилось сносить высокомерие и грубость персов, союзников нынешнего падишаха. Никто и думать не мог, что столь желанный государь мог стать шиитом и клевретом шаха Исмаила. Отсюда, пожалуй, недалеко до того, что шиитская ересь будет объявлена венценосным сюзереном Бабура господствующей религией и начнется такое же жестокое преследование правоверных суннитов, какое столь недавно было в Иране, о чем осведомили население Мавераннахра многочисленные эмигранты-сунниты, спасавшиеся здесь от ярого фанатизма шиитов. С другой стороны, по-видимому, беспечность и более чем легкомысленный образ жизни почившего на лаврах Бабура также не вызывали восторгов населения.

Не последнюю роль играло и то обстоятельство, что в Самарканде в это время находились люди, сожалеющие о времени правления узбеков и предпочитающие их возвращение установлению власти Бабура в союзе с шиитами. Кстати, к таким людям относился и Рузбехан, оставшийся в Самарканде: «Мечети ислама, бывшие убежищем молитв правоверных суннитов, они (шииты) превратили в объекты распространения мерзостей отрицания правоверия и гадостей, чем в места молитвенных обрядов и покорности Аллаху. И если, – не дай бог! – разгорится искра огня их соблазна и упрочится их неустойчивое господство в этих областях, то близко будет к тому, что от проявлений истинной веры не останется никакого следа, а от ислама – ни одной с ним страны».

Таким образом, народ Мавераннахра быстро разочаровался в правлении Бабура и, прежде всего, через его союз с шахом Исмаилом и близкой перспективой подчинения Ирану. И знать и народ сошлись на том, что лучше быть под властью узбеков, чем кызыл-башей. Поэтому в Туркестан к узбекам были направлены просьбы о скорейшем их прибытии в Самарканд для освобождения от пришельцев. Народ обещал немедленно восстать против Бабура и его союзников и изгнать их из города, как только узбекские знамена покажутся в окрестностях города, и передать столицу узбекам.

Что касается узбеков, то это была не самая лучшая для них пора. Узбекские ханы, ушедшие в степи Дешт-и-Кыпчака, прилегавшие к Туркестану, еще столь недавно чувствовавшие себя полными хозяевами в обширных владениях темуридов, – пребывали в крайне удрученном состоянии. Безусловно, они переживали и гибель своего верховного главы Шейбани-хана, который так лихо покорил земли темуридов, и захват Бабуром и его союзниками этих богатых областей. Перед узбеками стояла дилемма – уходить ли дальше в степи Дешт-и-Кыпчака или, мобилизовав все силы, выступить в поход на Мавераннахр и отвоевать его у Бабура.