Ответом на эту политику стали мощные восстания индусов. Особенно тяжелой для моголов оказалась война в горной Раджпутане. Она была очень упорной, кровопролитной и требовала огромных средств. Кроме того, падишах лишился возможности пополнять ряды своей армии раджпутами, которые были раньше самыми лучшими и преданными воинами династии. Боеспособность могольской армии стала падать с каждым годом. Между тем враги становились все энергичнее и сильнее. На южной окраине Могольской империи образовалось и стало быстро набирать силу индусское государство маратхов. Занятый войнами в северных границах своей державы, Аурангзеб долго не обращал должного внимания на ее южные пределы, несмотря на то что маратхи захватили несколько важных могольских областей. Однако в 1682 г. произошло коренное изменение его внешней политики. Все началось с того, что сын падишаха Акбар восстал против власти отца и бежал под защиту царя маратхов Самбхуджи. Это переполнило чашу терпения Аурангзеба. Он решил лично отправиться в Декан, сокрушить Самбхуджи и заставить Акбара покориться.

В продолжение первых четырех лет (1682–1686 гг.) война против маратхов носила достаточно бесплодный характер. Тогда падишах решил уничтожить союзные им шиитские государства Декана. В апреле 1685 г. он вторгся в пределы Биджапура и в октябре 1686 г. после упорной осады овладел этим богатым городом. Голконда – столица кутб-шахов – была осаждена в январе 1687 г. и взята в сентябре того же года. Покончив с Биджапуром и Голкондой, Аурангзеб обрушился на государство маратхов. В короткий срок были взяты многие из маратхских крепостей, включая Райгарх. Акбар успел бежать в Иран. Сам Самбхуджи со всей своей семьей был захвачен в плен и после мучительных пыток казнен в 1689 г. Таким образом, Империя Великих Моголов достигла при Аурангзебе своих максимальных размеров, включив в свои пределы почти весь Индостан. Однако на этом ее наступательный импульс иссяк. Удержать за собой все завоеванные земли оказалось для моголов непосильной задачей. Именно тогда, когда они, казалось, достигли вершины могущества, их государство стало стремительно разлагаться. Длительное отсутствие падишаха привело к развалу централизованной системы управления. В государственном аппарате возобладала коррупция. Наместники отдельных областей набрали большую силу и стали проявлять признаки неповиновения. Возросли центробежные тенденции.

Аурангзеб видел постепенный упадок империи, но, несмотря на всю свою энергию, не мог остановить этот процесс.

Верных людей при Аурангзебе не осталось по его собственной вине, в результате стойкого недоверия к окружающим и отказа передавать кому-либо полномочия власти. Во время правления Акбара, Джахангира и Шах Джахана преемственность военачальников, надежных министров, доверенных женщин или царевичей смогла оставить след в истории благодаря их успешным действиям на благо империи. В течение полувека правления Аурангзеба главным действующим лицом был только он. Даже собственные сыновья и дочери Аурангзеба оставались на положении непослушных и шалых детей вплоть до того, как переступали рубеж сорокалетия или пятидесятилетия. Характер его обращения с царевичами – это мерило полной неспособности Аурангзеба быть отцом. И Шах Джахан, и Аурангзеб строили свои отношения с сыновьями, имея в виду одну цель – избежать повторения собственного бунта против своих отцов. Решение Шах Джахана предусматривало максимум свободы для любимого им сына Дары, а решение Аурангзеба – минимум свободы для каждого.

Его последние годы прошли в упорных войнах с врагами, которые поднимались со всех сторон. Самыми непримиримыми его противниками оставались маратхи. Они сплотились вокруг Раджарама – младшего брата Самбхуджи – и начали против моголов поистине всенародную войну. Множество партизанских отрядов отважно нападали на имперские войска, не давая им ни минуты покоя. В 1690 г. большая могольская армия под командованием Рустам-хана была наголову разбита маратхами. Несколько раз падишах устраивал крупномасштабные карательные экспедиции в горные области. Положив огромное количество солдат, он сумел захватить многие важные крепости маратхов, однако спустя несколько лет все они были вновь отбиты индусами. Измученный безрезультатной войной, падишах серьезно заболел. В 1705 г. его изрядно потрепанная армия отошла к Ахмеднагару. Здесь он и умер в феврале 1707 г.