У историков того времени находим описание Шах Джахана как «крупнейшего и богатейшего владельца драгоценных камней во всем обитаемом мире». В этом отношении Шах Джахан даже превзошел своего отца. Источники сообщают, что эксперту понадобилось бы не менее четырнадцати лет, чтобы сосчитать и оценить драгоценности, принадлежащие лично Шах Джахану.

В сентябре 1657 г. Шах Джахан внезапно заболел. Это послужило сигналом к началу междоусобной войны между его сыновьями. Падишах имел четырех сыновей. Из них старший Дара был наместником в Аллахабаде, Пенджабе и Мультане. В его распоряжении находилось 40 тыс. всадников, и он занимал положение, почти равное положению правителя, поскольку отец избрал его своим наследником. Шуджа, второй сын Шах Джахана, в течение семнадцати лет являлся наместником Бенгалии. Ленивый по природе, он мог иногда проявить большую энергию, но не был способен на длительные усилия. Пылкий, ищущий удовольствий и неумный Мурад, самый младший из братьев, был наместником Гуджарата.

Что касается Аурангзеба, то он стал играть заметную роль в политической жизни Могольской империи очень рано, задолго до своего восшествия на престол. В 1636 г. отец назначил его на ответственный пост наместника Декана, где столицей принца стал Аурангабад. В 1644 г. он ненадолго впал в немилость и был смещен. В 1645 г., когда положение Аурангзеба восстановилось, его послали наместником в Гуджарат, а оттуда – в Балх и Бадахшан. Здесь он вел безуспешную войну с неуловимыми узбеками, которые переходили Амударью и нападали на могольские аванпосты. В конце концов в 1647 г. Балх был сдан узбекам. В феврале 1649 г. персы внезапно отобрали у моголов Кандагар. В мае того же года Аурангзеб во главе 50-тысячной армии осадил этот город, однако из-за отсутствия тяжелой артиллерии взять Кандагар не удалось. В 1652 г. отец вновь вернул его в Декан.

Когда Аурангзеб во второй раз прибыл в Декан в качестве наместника, он обнаружил, что управление страной осуществляется плохо, налоговые поступления сократились и площадь обрабатываемых земель уменьшилась. Между тем в Декане, как в приграничной провинции, постоянно находились значительные войска. Извлекаемые из провинции доходы не покрывали расходов. К счастью для себя, принц нашел в лице перса Муршид Кули-хана исключительно способного чиновника, который сумел провести важную налоговую реформу. Не будучи очень обременительными, новые налоги стимулировали развитие земледелия и освоение заброшенных земель. Многие жители вернулись в покинутые деревни, и там возобновилась нормальная жизнь. Укрепив армию, Аурангзеб в 1656 г. вторгся в Голконду и взял Хайдерабад. Правитель страны Абдаллах Кутб-шах укрылся в Голконде и упорно оборонялся. Из-за происков своих недоброжелателей Аурангзебу не удалось довести войну до победного конца. В марте по требованию Шах Джахана был заключен мир. Кутб-шах выплатил моголам контрибуцию в размере 10 млн рупий. В 1657 г. Аурангзеб начал войну с Биджапуром, занял Бидар и Кальяни. С побежденных также была взыскана контрибуция в размере 10 млн. рупий.

Тем временем в декабре 1657 г. Мурад в Ахмадабаде объявил себя падишахом. Его примеру последовал Шуджа в Бенгалии. Аурангзеб заключил союз с Мурадом, и братья двинулись против старшего Дары. Первая битва между претендентами на престол произошла в феврале 1658 г. при Бахадурпуре. Шах Шуджа был разбит Дарой. В мае при Самугархе, возле Агры, 50-тысячная армия Дары сошлась в решительном сражении с армией двух остальных братьев. Аурангзеб и Мурад одержали полную победу. 10 тыс. сторонников Дары пали в этой битве, а сам он бежал в Пенджаб. В июне 1658 г. Аурангзеб вступил в Агру, низложил и заточил своего отца. Тогда же был брошен в темницу Мурад (в 1661 г. его обезглавили). Укрепив свой тыл, Аурангзеб опять обратился против Дары. Тот бежал, не принимая сражения. В январе 1659 г. при Хаджве Аурангзеб нанес полное поражение Шах Шудже. В марте того же года он во второй раз разбил Дару. Вскоре тот был захвачен в плен и казнен. Шах Шуджа отступил в Бенгалию, но не смог здесь удержаться и бежал в Аракан, где его в 1661 г. убили магхи. Шах Джахан оставался в строгом заточении в крепости Агры до самой своей смерти.