В 1580 г. по требованию Акбара виднейшие улемы империи признали его муджтахидом, т. е. высшим мусульманским духовным авторитетом, и доверили ему решение всех спорных религиозных вопросов. Этим правом он воспользовался для утверждения полной веротерпимости. Чтобы привлечь к себе симпатии индусов, Акбар стал появляться на публичных аудиенциях с кастовым знаком брахмана на лбу и со шнурками, повязанными вокруг кистей рук. Он запретил забой коров и употребление в пищу говядины. Вместе с тем он приказал возжечь при дворе неугасимый светильник и, подобно парсам, стал публично простираться перед солнцем.

В 1579 г. император положил конец обыкновению ежегодно отправлять крупные суммы денег в Мекку и Медину; в 1580 г. отменил свое ежегодное паломничество в Аджмер; в 1584 г. отменил мусульманскую систему летоисчисления по Хиджре и заменил ее новой хронологией, ведущей отсчет дней с восшествия самого Акбара на престол. Все эти новшества очень не нравились воинствующим ортодоксам. Немалое возмущение вызвало его решение чеканить монету с двусмысленной надписью «Аллах акбар», которую можно истолковать либо как «Аллах велик», либо как «Акбар есть Аллах».

Недовольные политикой Акбара шейхи и мусульманская знать подняли в 1580 г. восстание в Бенгалии и Пенджабе под лозунгом защиты ислама. Мятежники объявили Акбара низложенным и провозгласили падишахом его сводного брата Мухаммада Хакима, наместника Кабула. Тот вторгся в Пенджаб и занял Лахор. Акбар немедленно выступил против мятежников, усмирил Бенгалию, вытеснил брата из Пенджаба и занял Кабул. Эти события оказались последней серьезной угрозой безопасности империи. Недовольные должны были смирить свое возмущение. Религиозные реформы продолжились. В этой связи любопытен факт относительно христианской религии.

В 1579 г. Акбар направил к португальским властям в Гоа послов, сообщив через них о своем интересе к христианской религии и обратившись с просьбой прислать к его двору несколько ученых отцов, а также «главные книги: Библию и Евангелие». Иезуитам это показалось благоприятным случаем для еще одной победы христианства, посланной самим Небом возможностью обратить в эту веру целую империю язычников. Что касается португальцев, то они обосновались на западном побережье Индии еще до появления в 1522 г. Бабура, но их отношения с индийскими властями ограничились главным образом их соседями в Гуджарате. Акбар же, помимо искреннего интереса к сравнению разных религий, питал надежду, что дипломатический контакт с португальцами «поможет цивилизовать эту дикую расу». Все, казалось, вело к установлению дружеских отношений, так оно и вышло.

Миссия в составе трех отцов-иезуитов прибыла в Фатехпур Сикри в феврале 1580 г. Неудивительно, что миссионеры возликовали, когда убедились в том, что Акбар склонен к сотрудничеству в области религиозных материй и готов целовать священные книги и иконы, но они ошибались, принимая увлечение императора всеми религиями за его намерение присоединиться к их собственной. Христианство привлекало его в той же мере, как и любая другая религия, хотя Акбар был потрясен тем, что Христос позволил унизить себя такой позорной казнью, как распятие, а не воспользовался своей Божественной силой и не сошел с креста. Высказывались предположения, будто Акбар сознательно надеялся найти в христианстве религию, которая могла бы расширить расовые и религиозные противоречия в его империи, если обратить в эту религию как мусульман, так и индусов, что и намеревались сделать иезуиты. Но Акбар был слишком проницательным политиком, чтобы вообразить, что он может ввести в Индии новую религию официальным указом. Скорее всего, его интерес к христианству происходил из личного пристрастия к философствованию. Поэтому естественно, что, когда он наконец выбрал религию собственно для себя, она получила широкое распространение и создала некий нимб святости вокруг его личности. Сообщение в 1582 г. об этой новой религии показало иезуитам, что они потерпели неудачу.