Объективно оценив обстановку и посчитав ее благоприятной, Шейбани-хан выступил из Самарканда в поход на Балх (1503 г.).

Несмотря на то что Бадиуз-Земан раскрыл заговор эмиров, многие из которых были казнены, тем не менее весть о приближении узбеков застала балхского наместника совершенно не готовым к отпору врага. В одну из ночей он удалился из Балха под предлогом набирать войска в других местах. Защиту же города он поручил одному из своих малолетних сыновей, правда, в советники ему были назначены наиболее преданные эмиры.

Тем временем Шейбани-хан переправился через Амударью и оттуда двинулся к крепости Андхуд, которую эмир-изменник сдал немедленно. Кстати, предателей Шейбани-хан особо не приближал и с эмиром обошелся довольно немилостиво. Вскоре цель похода была достигнута – перед ними был Балх. Осада города продолжалась три месяца. Она была неудачна для узбеков: все штурмы отбивались защитниками крепости, к тому же с большим уроном для осаждающих. Объективная оценка положения требовала возвращения войск Шейбани-хана восвояси.

Неуверенность в прочности устоев государства и опасения грядущей катастрофы охватили многих в правящих кругах темуридского государства, в котором военная слабость усугублялась общим недоверием друг к другу правящих лиц. Это были те печальные результаты, которые последовали за первым вторжением кочевников в Балхскую область. Балхские земли были опустошены: поля вытоптаны, селения разрушены и разграблены, а жители перебиты.

Для правильной оценки ситуации Шейбани заслал в крепость шпионов, которые донесли, что мирные условия хана отвергнуты, в городе большие запасы продовольствия, защитники крепости полны решимости биться до последнего. Шейбани, не желая терять людей в долговременной осаде хорошо укрепленного города, ушел за Амударью.

Пока длилась осада Балха Бадиуз-Земан-мирза, засев в одной из крепостей своих горных владений, неоднократно обращался в Герат к своему отцу с просьбой послать ему войска, но Султан-Хусейн, весьма не благоволивший к своему старшему сыну, медлил с ответом.

Отчаявшись дождаться каких-либо позитивных действий со стороны отца, Бадиуз-Земан вновь обратился к правителю Хисара с призывом примкнуть к его армии с войсками Хисара, Хатлана, Кундуза, Бадахшана в борьбе против узбеков. Тот как будто согласился, но для заключения союза в качестве посла направил своего брата.

По прибытии в ставку Бадиуз-Земана посол был перехвачен одним из эмиров, яро ненавидевшем принца. Эмир застращал посла тем, что якобы Бадиуз-Земан подготовил расправу над ним, разумеется, переговорщик решил бежать. Вместе с коварным эмиром они бежали в крепость Шабирган, где, как оказалось, все было подготовлено к восстанию против Бадиуз-Земана. Однако ситуация разрешилась мирным путем. К образовавшейся коалиции феодальных княжеств примкнул Бабур, успевший за это время овладеть Кабулом. Что касается Султан-Хусейна, то он помирился со своим старшим сыном и даже по-отцовски тепло общался с ним в Герате. Складывалось впечатление, что в империи темуридов наступило согласие, но все и на этот раз было изменчиво и жестоко по отношению к обреченным на гибель. Темуриды занимались династическими дрязгами и тратили свою энергию и силы на дела совершенно второстепенного значения, словно забыв о страшной опасности, нависшей над ними.

В июле—августе 1504 г. у Султан-Хусейна созрел план, согласно которому он решил послать войска Бадиуз-Земана на Мургаб и, таким образом, загородить путь узбекам при их возможной попытке двинуться на Хорасан. С Мургаба главный союзник Бадиуз-Земана Хосров-шах пошел на Кундуз, недавно захваченный узбеками, который он очень хорошо знал, поскольку когда-то был там правителем. Окрестное население во множестве присоединилось к Хосров-шаху; и он уже надеялся на успех в своем предприятии – нанести поражение узбекам. Но войска узбекского коменданта Кундуза вышли навстречу Хосрову и в ожесточенном бою разбили его, причем сам Хосров-шах был взят в плен, а остатки его армии разбежались. Хосров-шаха узбеки доставили в Кундуз, посадили на осла, с позором провели по всему городу, затем казнили.