Изгнанный из Герата по подозрению в заговоре против Шахруха, Касым-и-Энвар нашел приют в Самарканде у Улугбека, где в течение длительного времени пользовался его расположением и вниманием. Что касается самого Улугбека, то определенно известно, что его жизнь и жизнь высших представителей самаркандского духовенства вызывала осуждение и негодование верующих. Например, самаркандский шейх-ул-ислам Исамуддин, построив доходные бани, устроил по этому случаю пиршество, на которое были приглашены певицы. Узнав об этом, строго правоверный и благочестивый самаркандский мухтасиб Сейид-Ашик явился на этот пир и, обращаясь к Исамуддину, резко сказал: «Шейх-ул-ислам без ислама, по какому такому законному праву можно мужчинам и женщинам сидеть в одном собрании и петь?!» Тот же мухтасиб горячо порицал Улугбека в Кан-и-Гиле под Самаркандом за устроенное им там «разливанное море» для знати и простолюдинов. «Ты уничтожил веру Мухаммедову и допустил обычаи неверующих», – говорил Сейид-Ашик. Улугбек за все это решил устроить над мухтасибом суд из представителей духовенства и наказать его, но из этого ничего не вышло, ибо действия мухтасиба были признаны не лишенными основания.

Бартольд замечает, что «Улугбек в глазах духовенства был несправедливым правителем, при котором уважающий себя представитель шариата не мог без ущерба для своего достоинства занимать должность казия».

Факты, приводимые историками-современниками Султан-Хусейн-мирзы, говорят о его шиитских симпатиях. Любопытно отметить, что от публичного исповедания шиизма он отказался только после множества уговоров, в частности, Алишера Навои. Среди ближайшего окружения Султан-Хусейна, в числе его сановников, поэтов и художников было немало шиитов, которые ни в какой мере не преследовались. Вместе с тем веселые гератские нравы с их, ничем не стесняемым, всеобщим винопитием и «нечестием» находили, несомненно, широкое подражание и в других городах Хорасана, столь открытого для широких торговых сношений с «неверным» западноевропейским миром через Астрабад, бывший тогда одним из важнейших центров мировой торговли шелком. С другой стороны, и по ту сторону Амударьи, в Мавераннахре, тоже было неблагополучно в отношении правоверия. Словом, в доставшемся теперь «Отцу побед», Шейбани-хану, обширном наследии темуридов проступала шиитская ересь, вызывая крайнее недовольство правоверного суннитского духовенства и его многочисленной паствы.

В то время, когда победы Шейбани обеспечивали ему власть в Мавераннахре и Хорасане, на сцену мировой истории, на западе Хорасана, со стороны Ирана, выступал новый воитель, стремившийся распространить свою власть на восток столь же упорно, как Шейбани-хан стремился утвердить свою в направлении запада. Это был персидский шах Исмаил I из суфийской семьи города Ардебиля, почитавшейся всеми тюркскими племенами Азербайджана. Отношения его деда Узун-Хасана к Султан-Хусейн-мирзе всегда были дружественными, последний темурид считал Исмаила как бы своим сыном и относился к нему с отеческим расположением. В подавлении беспорядков, возникающих после смерти его деда (ок. 1478 г.), поддержанный, с одной стороны, последователями своего отца, шейха Хайдара, а с другой – всеми семью тюркскими племенами Азербайджана, Исмаил создал хотя и немногочисленную, но боевую и очень сплоченную армию, которая у его врагов и соседей за свои красные головные уборы получила название «кызыл-башей» (красноголовых). С этим войском Исмаил подчинил себе в 1502 г. Ширван, Азербайджан, Иран и принял титул шаха. В 1504 г. его владения простирались на восток, соприкасаясь с темуридскими, а на западе граничили с районами Диарбекра и Багдада. Помимо успехов его оружия, соотечественники вменяли ему в особую заслугу ту ревность, с которой он, действуя в духе своих предков, выступал в защиту шиизма и религиозных чувств этой секты к четвертому преемнику Мухаммеда – Алию. Но провозглашение шахом Исмаилом шиизма господствующей религией было сделано в духе воинствующем, сопровождающемся преследованием суннитов во владениях шаха, причем в проявлении фанатизма не было пощады даже мертвым: так, извлекли из могилы и затем сожгли останки известного ширазского казия Бейзави, весьма почитаемого в суннитском мире комментатора Корана (ум. ок. 1286 г.). Спасая свою жизнь, множество суннитов бежало на восток, то во владения темуридов, пока те были у власти, то под защиту Шейбани-хана. Среди них были известные ученые – законовед шафитского толка Рузбехан Исфагани, Мухаммед Кухистан, позже долго занимавший должность муфтия в Бухаре, и др. Они охотно принимались Шейбани-ханом, не делавшим никакого различия между персами и тюрками, и, как «истинно правоверный государь», следовавшим хадису Пророка: «все мусульманане – братья». Однако Шейбани-хан, получая информацию от персов-эмигрантов, понимал, что воинствующий шиизм, если его не остановить, не замедлит, при военных удачах противника, переброситься в Мавераннахр, где в принципе готова почва для его восприятия. И Шейбани-хан, в стремлении опереться на широкие суннитские круги своих новых владений, вступает на путь борьбы и с шиитской ересью, угрожающей его политическим интересам на западе Хорасана, и с неверием вообще. Ему, питомцу бухарских правоверных мулл и дервишей, был чужд шиизм с его мессианскими воззрениями, среди которых первое место занимает идея о грядущем имаме Мехди, при котором наступит вселенское царство шиитов и титул которого так ярко оттеняет эту миссию до времени скрытого двенадцатого имама – ал-худжжат ул-каим-ул-Махди сахиб уз-заман, т. е. «грядущая непреложная истина Мехди, властитель времен». И Шейбани-хан, как бы в противовес этим еретическим верованиям, принимает титул, выражающий подлинно реальную сущность его миссии: он, только он, имам данного времени, представитель всей мусульманской общины и наместник всемилостивого Аллаха (в противовес последним словам шиитского символа: «Алий – наместник Аллаха»). На нем, Шейбани-хане, лежит миссия борьбы с ересями и неверием, особенно с шиизмом. Таков был смысл и значение принятого Шейбани-ханом титула, за которым мы можем видеть подлинное лицо вождя узбеков, решившего использовать религию для упрочения своего положения и дальнейшего осуществления своих замыслов.