Расчеты честолюбивого принца оказались правильными, а его энергия, неустрашимость и присутствие духа помогли ему осуществить мечты. Способствовала этому и политика темуридов вовлекать узбеков и в свои распри, и в защиту своего государства, придерживались они ее и теперь, когда у них под рукой был такой способный и храбрый узбекский предводитель, воспринявший к тому же их культуру.

Последующие события были таковы. Вернувшись из Дешт-и-Кыпчака в Сыгнак и проведя там зиму, Шейбани узнал, что властелин Сузака, Махмуд-султан, сын Джаныбек-хана, славившийся по всем степным улусам своей храбростью и удалью, выступает против него с большими силами. Несмотря на отговоры окружения не рисковать и не вступать в бой с врагом в открытом поле, Шейбани не послушался этих советов и в жестокие морозы выступил против Махмуд-султана, совершенно неожиданно напал на него под самым Сузаком, когда шел сильный снег, да такой, что люди и лошади глаз не могли открыть; сузакцы были разбиты, и победитель с большой добычей вернулся в Сыгнак. Потерпевший поражение Махмуд-султан обратился к Бурундук-хану с предложением объединить силы против Шейбани. Бурундук-хан, учитывая то обстоятельство, что при дальнейших успехах Шейбани ему не будет пощады, охотно пришел на помощь Махмуд-султану. Их объединенные войска встретились у перевала Сугунлук, между Сузаком и Сыгнаком. В битве, которая была проиграна принцем, Махмуд-султан погиб. Шейбани ретировался на полуостров Мангышлак, где и провел зиму.

В это время самаркандский темурид Ахмед-мирза подвергся со стороны Ташкента нападению войск Султан-Махмуд-хана, весьма жестокого по отношению к мирному населению: угон скота, грабеж, насилие, убийства. Ахмед-мирза в отчаянии поручил своему бухарскому наместнику, Абдулали, вызвать Шейбани для защиты северных границ государства.

Абдулали с письмом направил своего нукера через Хорезм в Мангышлак к Шейбани. Тот, не заставив себя ждать, прибыл с отрядом в Бухару, а оттуда направился в Самарканд. Однако по прибытии на место, Шейбани от осведомителей узнал, что эмиры Ахмед-мирзы готовят заговор против него. Проанализировав ситуацию, Шейбани явился к Ахмед-мирзе в сопровождении отряда из трехсот человек. Ахмед-мирза устроил в честь него пир, но Шейбани отказался присутствовать на торжестве, очевидно опасаясь возможного отравления или даже убийства. Однако все закончилось обоюдными любезностями, после чего объединенные войска Ахмед-мирзы и Мухаммеда Шейбани выступили против армии Султан-Махмуд-хана. Они прошли Змеиное ущелье (Йилан-Ути) и дошли до гор Шахрухии.

Очевидно, не простив Ахмед-мирзе предательства, пусть даже исходящего не от него лично, а от его сановников, Шейбани вынашивал план перехода на сторону противника и в первую же ночь направил свой отряд ташкентской дорогой в Туркестан. Переправившись через Чирчик, Шейбани остановился у укрепления Чукур. Там его встретил передовой отряд Султан-Махмуд-хана, отслеживающий войско Ахмед-мирзы. Шейбани заявил, что желает жить в мире с их главою, чагатайским ханом Западного Моголистана Султан-Махмудом. Его препроводили в резиденцию Махмуд-хана в Ташкенте, где он был принят как почетный гость и союзник.

Каково же было отчаяние Ахмед-мирзы, когда он узнал об измене Шейбани. Он решил немедленно отступать, но было поздно: противник нанес ему жестокое поражение. Спасаясь от неприятеля, самаркандские воины бросались в Чирчик и гибли в его быстрых водах.

Переходом на сторону Султан-Махмуд-хана Шейбани порвал с темуридом Ахмед-мирзой, тем самим бесповоротно определилась и судьба всего наследия Амира Темура.

Последующие три-четыре года прошли для Шейбани и его брата Махмуда в непрерывных пограничных войнах с враждебными ему узбекскими ханами и эмирами: то он овладевал теми или иными их крепостями в низовьях Сырдарьи, вроде Аркука и Сыгнака, то его оттуда изгоняли, то он вступал в дружественные отношения со своим старым знакомым, темуридским наместником Туркестана Мухамед-Мазидом, то присоединялся к его врагам.

Вынужденный, в конце концов, уступить Сыгнак своему врагу Бурундук-хану, он, значительно усилив свой отряд кочевниками разных племен и уже имея некоторые укрепления, устремился на Хорезм, надеясь захватить владения Султан-Хусейн-мирзы. Ему удалось овладеть пограничной со степью хорезмской крепостью Тирсак, укрепить ее и, оставив в ней свою семью, ценности и обоз, а комендантом – своего брата Махмуд-султана, предпринять военные действия против других опорных пунктов оазиса. Но Султан-Хусейн направил в Хорезм сильные подкрепления из Хорасана, и это затормозило дальнейшие действия Шейбани, хотя его набеги то на один регион Хорезма, то на другой вносили смятение в мирную жизнь этой области.