Видя безвыходность положения, Бабур в одну из ночей покинул Самарканд. С ним был отряд в сто человек, с которым он направился в Ташкент, где ему был оказан радушный прием ханом Султан-Махмудом.

Шейбани-хан беспрепятственно второй раз овладел Самаркандом. Неизбежные массовые грабежи и убийства населения Самарканда сопровождали торжество победителя над столицей Амира Темура.

Бежавшие из города увеличили население городов Моголистана, Хорасана и горных областей Восточной Бухары.

Находясь в Ташкенте, Бабур склонял Султан-Махмуд-хана выступить против его наследственного удела Андижана. Он получил согласие и зимой 1501 г. войска выступили в поход.

Судя по всему, служба разведки у Шейбани-хана работала превосходно, как и у его великого предка – Чингисхана. Он сумел опередить своих врагов: взял армию Махмуд-хана в клещи и в кровопролитном бою разбил ее. Махмуд-хан и его брат попали в плен, а Бабур бежал в северо-восточные области Моголистана. Шейбани-хан отнесся к пленникам великодушно и дня через два-три отпустил их на свободу, оставив за собой территорию Шахрухии.

Итак, Шейбани-хан, завладев Самаркандом, закрепил за собой значительную часть Мавераннахра с его обеими столицами. Однако факт изолированности Самарканда от прилегающих районов весьма беспокоил Шейбани-хана. И он решил построить для безопасного и удобного проезда через Зеравшан мост-дамбу. На строительство этого сооружения были привлечены объединенные силы населения и войска. Первого ноября 1502 г., по истечении месяца, работа завершилась и Самарканд был связан с заречными районами.

Инженерные особенности этого моста-дамбы были по-своему уникальны. От берега Зеравшана к строившейся плотине была наискось построена струенаправляющая дамба, вследствие этого воды реки были направлены лишь по части русла и на обнажившемся дне беспрепятственно построили значительную часть плотины. По современным инженерным оценкам места бывшего сооружения Шейбани-хана, эта постройка была и постом, и водораспределяющей плотиной, направлявшей часть Зеравшана в Акдарью и Карадарью.

Самарканд стал столицей Шейбани-хана, в Бухаре и Ташкенте были им посажены соответственно брат Махмуд-султан и два дяди, кстати, мать которых была дочерью Улугбека.