Весть о потере Самарканда была неожиданной для Шейбани-хана, который в это время находился в нескольких километрах от города. Однако, объективно оценив боевые возможности своих войск, не стал штурмовать Самарканд, а направился в свой Туркестан. Оставшиеся же в долине Мианкаля по разным курганам – фортам немногочисленные узбекские гарнизоны или уничтожались, или изгонялись, и скоро, через какие-нибудь три-четыре месяца, почти все самаркандские туманы с их опорными пунктами признали власть Бабура. Были также взяты у узбеков хорошо укрепленные Карши и Гузар. Однако положение юного Бабура оказалось весьма непростым. Он всеми силами старался проявить заботу и заслужить расположение народа и войска. Но что он мог реально сделать, если последствия узбекского нашествия ощущались на каждом шагу. И, самое главное, весь хлеб у населения и правительственные запасы были или съедены, или уничтожены многочисленными узбекскими войсками. Наступил голод. Чтобы облегчить положение народа, Бабур распустил свои ферганские войска, содержание которых требовало немало хлеба. Этот шаг юного самаркандского главы, продиктованный его благими намерениями и неопытностью, имел самые губительные для него последствия.

Для Шейбани-хана пришло время реванша: он выступил в поход на Самарканд с большим и хорошо снаряженным войском. Бабур в свою очередь наскоро собрал войско, заручился помощью Ташкента и некоторых чагатайских эмиров и в апреле 1501 г. выступил из Самарканда навстречу Шейбани-хану. На берегах Зеравшана оба войска встретились.

Шейбани-хан держал паузу и не предпринимал решительных шагов к генеральному сражению. У Бабура было время подождать обещанное подкрепление, но, возможно, нетерпение молодости, возможно, советы военачальников, как бы то ни было, но он решил дать решительное сражение. Несмотря на всю свою храбрость и стойкость войск, проявленную в этом ожесточенном сражении, Бабур был разбит и, потеряв значительное число своих войск с высшим командным составом, вынужден был укрыться за стенами Самарканда.

Впоследствии, уже будучи основателем империи Великих Моголов, Бабур напишет «Записки». Приведем отрывок из этой книги, касательно сражения с Шейбани-ханом: «…когда линии двух армий приблизились, край правого фланга узбеков обогнул мой левый фланг и зашел ко мне в тыл. Я повернулся к ним фронтом. Старые опытные рубаки нашего авангарда потерпели поражение и были отброшены вправо, и передо мною никого не осталось. Несмотря на это, мы, однако, атаковали и достигли до его центра. Дело дошло до того, что некоторые из опытных военачальников Шейбани-хана говорили ему, что нужно уходить, ибо оставаться дальше нельзя. Он предпочел остаться. Правый фланг неприятеля, ударивши в наш левый фланг, обошел его с тыла. Поскольку мои авангарды были отброшены вправо, то мой фронт остался без прикрытия, и враг начал нас атаковать как с тыла, так и с фонта, осыпав стрелами. Войско моголов, пришедшее ко мне на подмогу, не приняло участия в сражении, но даже принялось грабить мой народ, стаскивая воинов с лошадей. Но это не единичный пример, а таков обычай этих злосчастных моголов. Если они побеждают врага, они немедленно принимаются за его ограбление; если же они бывают побеждены, то начинают грабить и стаскивать с коней своих союзников, считая это своей добычей. Против нашего фронта враг предпринял несколько яростных атак, но мы их отразили, заставив врагов вернуться на свои исходные позиции. Они усилили свои атаки против нашего фронта, а вражеское подразделение, зашедши нам в тыл, стало осыпать градом стрел наше знамя. Таким образом, они нападали на нас спереди и сзади, чем заставили наших людей броситься из этого окружения. Великое искусство у узбеков на войне есть тулгама (они стараются окружить неприятеля и сразу бить его с фронта и тыла), без тулгамы не обходится ни одно сражение. Есть еще у них такой маневр: когда идут на неприятеля, тогда спереди и сзади бек и его нукеры, все бросают стрелы и сдерживают лошадей, а когда возвращаются назад, скачут врассыпную, бросивши поводья. Теперь со мною оставалось 10–15 человек; река Кухэк была близко, край нашего правого фланга доходил до нее».

Осада Самарканда длилась четыре месяца. Своей штаб-квартирой Бабур избрал медресе Улугбека. Несмотря на храбрость осажденных и их успешные вылазки, положение было весьма тяжелым, И без того в скудном продовольствием городе голод достиг ужасающих размеров. Скоро ни в одном доме не осталось ни крошки хлеба. Народ ел мясо собак и кошек, не думая о религиозном запрете этой пищи. Знать кормила своих лошадей листьями деревьев, простолюдины – отваренными в воде древесными стружками. Скоро ко всему этому присоединилась анархия. Многие, спасая свою жизнь, тайно спускались со стен и бежали в лагерь узбеков.