Между тем, Шейбани помирился с Султан-Махмуд-ханом и, заручившись помощью последнего, приславшего ему пятитысячный отряд, вновь направился на взятие Самарканда. Мощные укрепления города едва сдерживали натиск узбеков, и Шейбани начал осаду, несмотря на геройскую защиту города гарнизоном и жителями, принимавшими деятельное участие в вылазках против осаждающих. Но известие о стремительном продвижении на помощь осажденному Самарканду войска бухарского наместника эмира Мухаммед-Баки, заставило Шейбани снять осаду и преградить бухарцам дорогу. Шейбани-хан встретил их у крепости Дабусия. Произошло сражение, в результате которого бухарский наместник был разбит, но успел укрыться за крепкими стенами Дабусии. Тогда Шейбани сделал весьма умный ход. Решив, что вторую столицу темуридов, Бухару, охранять некому, форсированным маршем направил туда свои войска. Это было летом 1500 г. Осада города длилась три дня, после чего знать постановила сдать без боя Бухару Шейбани-хану и поднесла ему ключи от столицы.

Все знатные люди города, духовенство, суфийские шейхи, муллы и прочие были приняты Шейбани-ханом на торжественной аудиенции и удостоены разных милостей. Правителем Бухары был назначен эмир Мухаммед-Салих, который отправился в город вместе с вышеназванными влиятельными бухарцами и успокоил население заверениями, что никакого вреда им и их имуществу не будет причинено.

А в это время в Самарканде весть о поражении бухарского наместника и взятии Бухары Шейбани-ханом произвела совершенно удручающий эффект. К тему же там бушевали страсти в правящей верхушке, среди которой главенствующее положение занимал бывший комендант Отрара Мухаммед-Мазид, взявший в городе и его округе всю власть в свои руки, ни во что ставивший Султан-Али-мирзу и не допускавший его ни к каким самостоятельным действиям. Вследствие чего вражда между этими персонами была чрезвычайная. Узнав от своих осведомителей, что Султан-Али подготовил заговор с целью физической расправы над ним, Мухаммед-Мазид, забрав детей, ночью бежал из Самарканда. Бегство Мухаммеда, тем не менее, внушало Султан-Али определенного рода опасения и, прежде всего, его возврат в Самарканд с войском.

Не теряя времени, Мухаммед-Мазид послал верного человека в Андижан к хану Бабуру с просьбой прибыть в Самарканд, ибо Султан-Али не имеет-де сил выполнить свои обязанности по защите Самарканда, а другого человека он направил в Ташкент к проживавшему там брату Султан-Али, Султан-Увейс-мирзе, обещая ему захват Самарканда в его пользу. Оба темуридских принца отозвались на это приглашение и поспешили в Самарканд. Шейбани-хан, узнав об этом, решил «употребить лекарство раньше, чем проявится болезнь» и потому спешно выступил из Бухары с войском на Самарканд. Но в Ташкенте он получил сообщение, что бухарская знать решила сдать город эмиру Мухаммед-Баки, который бежал из Дабусии в Карши, и уже направил свои войска к Бухаре. Шейбани-хан вынужден был изменить свои планы. Однако, находясь уже в окрестностях города, эмир Мухаммед-Баки устрашился узбекского воинства и отступил к Карши. Шейбани-хан жестоко расправился с изменниками: одни были преданы смерти, другие превращены в пленников, все их имущество было отдано узбекам на разграбление. На всех горожан, от мала до велика, была наложена крупная контрибуция, воинское снаряжение и оружие конфисковано, девушки взяты в плен, а городские укрепления разрушены. Правителем города был оставлен брат Шейбани Махмуд-султан.

Эмир Мухаммед-Мазид тем временем собирал в Шахрисабсе большие войска, готовясь начать военные действия против темурида Султан-Али-мирзы. В Самарканде все высокопоставленные персоны объединились поддерживать Султан-Али-мирзу и ожидали лишь приказа вступить в бой. Настроение народа было удручающим: положение с хлебом стало критическим.

Когда Шейбани появился на подступах к Самарканду, сторонники Султан-Али-мирзы проявили себя не лучшим образом: первыми струсили представители дервишских кругов, затем пошла цепная реакция. Перестав надеяться на кого-либо, Султан-Али сам занялся подготовкой защиты столицы. Тем временем в Шахрисабс, по приглашению Мухаммед-Мазида, прибыл молодой Бабур, другой приглашенный – Султан-Увейс-мирза – не захотел пускаться в авантюры и немедленно выехал обратно в Ташкент.