Султан-Али, опасаясь, что предатели впустят в город его заклятого врага Мухаммеда-Мазида вместе с Бабуром, решил наладить отношения с Шейбани-ханом. Когда Шейбани осадил Самарканд, Султан-Али втайне написал ему письмо. Шейбани, получив послание, немедленно послал в Самарканд одного из бывших при нем верных бухарцев. Курьер отправился к Султан-Али и был принят с глазу на глаз. В одну из пятниц, когда все горожане были в мечетях на молитве, Султан-Али с небольшой свитой выехал из Самарканда и прибыл в ставку Шейбани. Тот встретил и принял его весьма любезно, а чтобы население Самарканда знало о визите, приказал бить в барабаны. В конце концов все закончилось тем, что эмиры и городская знать выехали к Шейбани-хану с подарками и всякого рода подношениями, были приняты им и настолько обласканы, что одна важная персона при дворе – шейх Мухаммед-Яхья, как свидетельствует один из источников, после приема заметил: «Если бы я раньше знал такие благородные качества Шейбани-хана, то я никогда не стал бы терять свое время с этими глупыми (темуридскими) принцами».

Таким образом, древняя столица Амира Темура без боя капитулировала перед Шейбани-ханом. Он взошел на мавераннахрский престол и провозгласил темуридскую династию низложенной (1500 г.). Даругою города он назначил одного из своих эмиров, а имущество бежавших из города знатных лиц приказал взять в казну. В Бухару было послано извещение о сдаче Самарканда. Виднейшие самаркандские и бухарские представители духовенства и суфийские шейхи ежедневно бывали у Шейбани-хана, который вел с ними беседы на разные темы и, видимо, находил в том удовольствие.

Однако мирное течение жизни скоро было нарушено, Шейбани-хану поступило сообщение, что один из чагатайских эмиров, живший в Самарканде, вооружает своих людей, дабы захватить Султан-Али и под его флагом поднять восстание. Хан медлить не стал: он арестовал Султан-Али, схватил чагатайского эмира и приказал предать их смерти. Так же он поступил со всеми подозреваемыми в сговоре знатными самаркандцами, в том числе и с шейхом Мухаммедом-Яхья. Кстати, когда конфисковывали имущество заговорщиков, у шейха, отказавшегося якобы от всего мирского, оказалось столько одежды, всякого добра, золота и драгоценных камней, что и учету все это не поддавалось. Ценности чагатайских эмиров Шейбани-хан отдал своим бахадурам, которые стали обеспеченными людьми на долгие годы.

Наведя свой порядок в городе и организовав из казавшихся ему преданных самаркандцев аппарат главного управления, Шейбани-хан из династических побуждений женился на красавице – вдове самаркандского темурида Султан-Ахмед-мирзы, которая была дочерью хана Юнуса и сестрой Султан-Махмуд-хана, правителя Ташкента. Таким образом, глава узбеков, происходивший из дома Джучи и считавшийся потомком в шестом поколении, теперь породнился с домом Чагатая.

Несмотря на несомненный авторитет среди соплеменников-узбеков и свой волевой характер, Шейбани, тем не менее, вынужден был подчиняться требованиям беспокойных сподвижников, которые порою предъявляли их в настойчивой и даже ультимативной форме. Официальные историографы сообщали о множестве фактов такого рода. Весьма важно отметить, что именно это буйное своеволие узбекских родовичей, по существу не считавшихся с авторитетом ханской власти, в конце концов привело к разложению и падению единого Узбекского государства.

Итак, четыре последующих после занятия Самарканда месяца прошли в грабеже мирного населения, и вскоре люди в полной мере почувствовали всю тяжесть порабощения кочевниками. Один из историков того времени писал: «Большинство сел и городов сделались равнинами и долинами, и не видно на земле ни изгибов, ни возвышений, и большую часть обитателей их зданий всплески волн горя и бесчисленные потоки страданий потопили в водовороте всеобщего смятения». Вот тогда один из самых влиятельных самаркандских ученых-теологов Абуль-Мекарим направил письмо девятнадцатилетнему Бабуру, в котором писал, что пришло время овладеть наследием своих предков, их древней столицей Самаркандом, и предлагал ему подробный план действий к захвату города. Безусловно, Абуль-Мекарим был не единственной фигурой в этом заговоре.

Бабур внял этому приглашению и, перевалив через Зеравшанские горы, Фан и Кштут, прибыл к Самарканду с небольшим отрядом и в назначенную ночь через отворенные ворота был введен в город встретившими его Абуль-Мекаримом и «всеми сановными и великими людьми» Самарканда. В ту же ночь ферганский отряд Бабура перебил более 300 человек из немногочисленного узбекского гарнизона, самаркандские жители разграбили дома узбеков и дома сторонников Шейбани-хана, а их обитателей подвергли физическому уничтожению. С наступлением дня Бабур был провозглашен падишахом.