Направив свое войско из Хорезма на юг, Шейбани овладел крепостью Адак, лежавшей на главном пути Ургенч – Астрабад, и отсюда совершил нападение на Астрабад, где его менее всего ожидали. Подвергнув ряд крепостей грабежу и насилию, Шейбани вернулся в Тирсак, отягощенный богатой добычей и гоня многочисленные стада.

В это же время Шейбани получил из Ташкента от своего союзника Султан-Махмуд-хана известие, что им взята у темуридов пограничная крепость Отрар, ее начальник и комендант Мухаммед-Мазид изгнан и что он, Махмуд-хан, дарит теперь эту крепость Шейбани. Последний поспешил лично прибыть в Отрар и принять этот важный пункт из рук хана. Вскоре Мухаммеду Шейбани перешел также хорошо укрепленный Сайрам и Еси, вследствие чего он оказался обладателем большей части Туркестана (1487–1493 гг.).

В ту пору у Шейбани-хана уже было много соратников-единомышленников, которые служили ему верой и правдой при любых перипетиях его бурной жизни. Источники того времени хранили их имена. Однако старые враги Шайбани-хана не успокоились. Бурундук-хан и другие сыновья Джаныбек-хана по инициативе Мухаммед-Мазида с большими силами выступили на Сайрам.

Их люди вошли в тайный сговор с городской знатью и подготовили восстание против узбекского гарнизона. В ходе восстания гарнизон был уничтожен, а его начальник – брат Шейбани Махмуд-султан был захвачен в плен. Не без помощи преданных Шейбани людей Махмуд-султану удалось бежать.

Вдохновленные победой над Сайрамом, враждебные Шейбани узбекские ханы осадили его в Отраре. Узнав об этом, на помощь осажденным Султан-Махмуд-хан направил войска из Ташкента. Своими активными действиями он не только снял осаду с Отрара, но и заставил ханов заключить мир с Шейбани. Однако в «Тарихи Рашиди» мы находим сожалеющие строки о том, что Махмуд-хан «вскормил змею на своей груди», и это не далеко от истины.

К тому времени Мухаммед Шейбани собрал большое войско, чтобы активно вмешаться в события в Мавераннахре, который достаточно сильно был обескровлен ссорами, постоянно возникающими между последними темуридами. Честолюбивые захватнические замыслы Шейбани-хана вскоре стали не секретом для Махмуд-хана. Опасаясь за судьбу своих владений, Султан-Махмуд-хан вступил в сношения с враждебными Шейбани-хану узбекскими ханами и заключил с ними союз против Шейбани, поставив целью вытеснить его из занятых им присырдарьинских территорий.

Вскоре ожесточенные действия союзников против Шейбани-хана начались. Они сопровождались опустошением всей Туркестанской области, в результате чего Шейбани потерял Еси и Сайрам. Однако долго Туркестан в таком состоянии пребывать не мог, и в конце концов все закончилось миром, столь непрочным и коварным, как непрочны и неискренни были, как свидетельствует история, обещания и клятвы кочевников.

Несмотря на мирный договор Шейбани-хана с сыновьями Джаныбек-хана, он, тем не менее, вновь овладел крепостями Еси и Сайрам, чем упрочил свое положение в степи. Тем временем в Мавераннахре усилилось влияние честолюбивых и бездарных лиц из правящей элиты, росло соперничество эмиров, и все это привело к падению авторитета верховной власти в государстве. Такое положение дел было только на руку Шейбани-хану.

Воспользовавшись тем, что ташкентский Султан-Махмуд-хан ушел в поход на Андижан и в Ташкенте войск почти не осталось, Шейбани-хан предпринял поход на Ташкент. Набег на город был жестоким и стремительным. Войска произвели небывалое опустошение, грабеж окрестностей города, но города взять не удалось. В тот момент, когда цель казалась так близка, неожиданно возвратился из похода Махмуд-хан. Успев захватить богатую добычу и пленников, Шейбани с войском ретировался в Туркестан.

По прибытии в свои владения, Шейбани не стал тратить время попусту, понимая, что час его решительных действий настал, и обратился с воззванием к своим родственникам, сподвижникам, всем тем, кто когда-либо состоял у него на службе и которых превратности судьбы раскидали по разным местам, заставив многих найти приют во вражеских владениях. Шейбани-хан призвал их всех вернуться под его знамена. И народ пошел к нему, прибыли и его дяди, и знатные узбекские родственники.

Собрав вокруг себя такую мощную силу, Шейбани-хан решил прежде всего направить свои войска на Самарканд, где в то время номинальным правителем был Султан-Али-мирза. Достигнув Самарканда, Шейбани совершил рекогносцировку, но, убедившись в том, что оборона города была произведена достаточно профессионально, отказался от осады города. Миновав Самарканд, войска Шейбани-хана дошли до Карши и Шахрисабса, разграбили города и с огромной добычей возвратились домой. Этот набег воочию убедил узбеков, что захват ими соседних темуридских владений дело весьма несложное, что и хотел им продемонстрировать Шейбани-хан.